Covid-19 : La chronique du Dr Pierre Blaise au 5 février 2021

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L’épidémie ne ralentit pas. Elle n’explose pas non plus. Mais la pression sur le système de santé reste extrêmement forte alors qu’une course de vitesse est engagée entre la vaccination et le virus et ses mutants. Troisième vague ? Evolution des perceptions par rapport à la vaccination ? Impact des nouveaux variants ?
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Une fois de plus s’impose la prise de décision dans l'incertitude. Essayons de la réduire.

*Les analyses présentées dans cette chronique régulière s’appuient sur le travail multidisciplinaire quotidien de toute une équipe au sein de l’ARS sans laquelle cette chronique ne pourrait exister.

Le 15 janvier, nous nous demandions si nous n’étions pas à un tournant.
La troisième vague promise au décours des fêtes de fin d’année ne semblait pas se déclencher.
L’épidémie, dont la décroissance, bien engagée suite au confinement de novembre, s’était brutalement interrompue le 26 novembre restait depuis lors sur une sorte de haut plateau, croissant lentement.
Trois variants du virus apparaissaient dans le paysage épidémiologique, en embuscade après avoir fait des ravages en Angleterre et déstabilisé le système hospitalier.
La méfiance vis-à-vis des vaccins qui structurait une stratégie vaccinale très prudente, recommandée par tous se transformait en impatience avec une rapidité inattendue, conduisant à annoncer le 31 décembre à la veille d’un long week-end de fête de fin d’année une accélération immédiate de la vaccination.

Le 4 février, 3 semaines plus tard, le faux plat qui caractérise la progression de l’épidémie se poursuit.
La pression sur le système hospitalier est extrêmement forte. Il n’est pas saturé à ce jour mais les marges de manœuvres sont réduites.
Deux des trois variants sont désormais présents et circulent sur notre territoire ligérien même si leur circulation n’est pas encore suffisamment importante pour provoquer une accélération perceptible dans nos données d’incidence globale.
Les objectifs de vaccination qui ont été fixés au regard de la disponibilité des doses de vaccin ont été dépassés dans tous les territoires de la région. 100 000 personnes ont été vaccinées à ce jour.

Il y a donc des signes encourageants et des éléments sources d’inquiétude.
Nous allons en sortir
Mais une période à haut risque s’ouvre

Les mesures prises par les pouvoirs publics combinées aux mesures que chacun applique volontairement dans son cercle intime ont probablement produit leurs effets au-delà de ce qui était attendu.
Mais les mesures seules ne suffiront peut-être pas dans la durée.
Ne l’oublions pas, c’est la dynamique propre au virus qui s’impose.
Comme tout organisme vivant, sa survie passe par sa reproduction et sa diffusion dans un écosytème qui lui est favorable.
Cet environnement favorable – ou non- est créé par nos interactions physiques qui lui permet de passer de proche en proche.

Sa diffusion est liée à deux paramètres :

D’une part sa capacité à pénétrer les cellules pulmonaires en l’occurrence pour s’y reproduire. Il en résulte chez un nombre significatif de personnes une atteinte pulmonaire. Dont les formes graves, même rares, sont cependant suffisamment fréquentes et suffisamment sévères  pour déstabiliser en domino les services de réanimations, le système hospitalier et enfin tout le système de santé dès que l’incidence est trop forte, c’est à dire le nombre de personnes infectées sur une période de temps.

D’autre part, sa capacité à passer d’une personne à l’autre. C’est le désormais fameux taux de reproduction ‘R’. Il dépend de nos comportements et de la ‘distance’ ou des obstacles (les gestes barrières le masque), qu’une personne ‘contagieuse’ met entre elle et une personne ‘susceptible’ d’être infectée et donc d’être contagieuse à son tour.
C’est tout l’enjeu des mesures de prévention qui repose sur la réduction des situations à risque de transmission.
La connaissance de plus en plus fine de ces situations a permis au fil du temps de mieux hiérarchiser leur impact et d’en déduire une priorisation des mesures les plus susceptibles de réduire efficacement la transmission. C’est ainsi que les temps de repas à plusieurs, où le port permanent du masque est impossible ont été identifiés comme des situations particulièrement à risque. Parce que l’on y parle sans masque.
Le virus les saisis d’une part pour passer d’une personne à l’autre et d’autre part pour diffuser dans la population. Ce sont ces temps d’interaction sociale au-delà ou entre plusieurs cercle intime, qui lui permettent de passer d’une ‘bulle sociale’ à l’autre.
Cette connaissance affinée par les scientifiques semble désormais partagée et saisie par chacun pour adapter ses ‘comportements’. Et choisir ses priorités dans ses interactions sociales pour réduire tout d’abord son propre risque d’être infecté, ensuite le risque d’infecter un proche à risque, enfin de contribuer à la propagation du virus.

Cumulées à l’échelle d’une population, ces actions de ‘colibri’ se voient probablement dans l’évolution des données de l’épidémie.

C’est peut-être au moins autant la meilleure maitrise individuelle et collective des situations à risque qui explique une progression de l’incidence qui reste pour le moment lente et surtout linéaire.
Alors qu’on attendait une accélération exponentielle de l’incidence dans les deux semaines suivant les fêtes de fin d’année.

D’une part la compréhension par le public des enjeux de brassage et l’adaptation de ses comportements à la situation a produit des résultats.
Manifestement alors que le confinement un temps envisagé n’a pas été imposé durant les fêtes, l’immense majorité des français et des ligériens s’est approprié le concept certes un peu arbitraire de réduction à 6 personnes de sa bulle sociale dans l’organisation de la période de fêtes de fin d’année.

Et cela a porté ses fruits. Le nombre des contaminations ne s’est pas envolé.
Certes le rythme des contaminations est resté soutenu, orienté à la hausse. Il a connu quelques épisodes brefs d’accélération évoqués dans la chronique précédente, peut-être à mettre sur le compte de clusters plus nombreux.
Mais l’adaptation du plus grand nombre à la situation et au risque a fait mentir les modélisations pessimistes des lendemains de fête.
Elles sont faites pour cela : Mieux averti grâce à elles, chacun peut adapter sa maitrise du risque.

D’autre part les mesures prises par les pouvoirs publics se sont affinées et ont permis de surseoir au confinement généralisé qui semblait l’option la plus probable. Et le couvre-feu semble produire un résultat sur la courbe épidémique.
Certes on n’assiste pas à l’inversion spectaculaire de la courbe qui survient après franchissement d’un pic dans les 7 à 10 jours lors d’un confinement généralisé comme ce fut le cas en mars et en novembre.
Mais la pente croissante qui semblait installée depuis le début de l’année s’est aplatie environ 7 jours après la mise en œuvre de la mesure pour suivre une sorte de faux plat.
Et la comparaison entre des régions qui n’ont pas appliqué la mesure à la même date et la synchronisation qui apparait entre mesure de couvre-feu et ralentissement de la courbe épidémique semble confirmer cette observation.
Et L’évolution de tous les indicateurs va dans le même sens.
En particulier, le taux de reproduction effectif, le nombre de personnes qu’une personne contagieuse est susceptible de contaminer. Il est redescendu et se stabilise juste au-dessus de 1 suite au couvre-feu.

L’épidémie continue donc de progresser puisque chaque personne contaminée contamine un petit peu plus d’une personne. Mais elle accélère moins vite avec le couvre-feu combiné à la pratique efficace et raisonnée de la distanciation et des mesures barrières.

Cela permet de gagner du temps dans la course de vitesse pour vacciner suffisamment avant qu’une nouvelle vague ne se forme.
L’autonomie accrue des populations dans leurs actions et leurs décisions pour se protéger est aussi une excellente nouvelle. Pour accroitre notre résistance à ce virus.
Elle manifeste une forme d’intelligence collective, permise par une meilleure compréhension de la dynamique épidémique et une appropriation des conséquences à en tirer pour ses comportements individuels et collectifs, ajusté en responsabilité par chacun à ses propres priorités et contraintes.
C’est aussi une bonne nouvelle pour les décideurs et les experts qui les conseillent. Nos démocraties sont fortement ébranlées par ce que le virus conduit à décider. Décision aussi très difficiles pour les promoteurs de la santé publique pour qui les enjeux de participation, de renforcement du pouvoir d’agir des individus et des collectifs sont au fondement de l’éthique de la promotion de la santé et de la santé publique.
La vitesse de propagation lors de la survenue des vagues épidémique de mars et de novembre. La saturation en deux semaines des services de réanimation, la désorganisation massive de l’hôpital et la mise en danger de l’offre de soin ont imposés une réaction rapide. Nous avons évoqué dans la chronique du 19 septembre les trois biais cognitifs entrainés par le décalage dans le temps entre l’accélération de l’épidémie, le délai de deux semaines avec lequel se manifestent les effets sur le système de santé et les deux semaines incompressibles pour qu’un renforcement de mesures de prévention comme un confinement produise ses effets.

Il semblait illusoire lors des premières phases de l’épidémie qu’une adaptation individuelle et collective des comportements se produise spontanément et avec une intensité suffisante.

D’autant plus que tout l’été se sont succédé les pourfendeurs de la lutte contre le virus, affirmant l’épidémie terminée. Ou les appels à différer les mesures de contrôle tant que les services de réanimation n’étaient pas impactés.
La compréhension manifestement accrue des mécanismes de transmission, de la dynamique de l’épidémie et de l’impact des mesure barrières, permet enfin de s’appuyer sur le pouvoir d’agir des individus et des collectivités. Et cela va permettre d’avoir un impact sur la prévention des contaminations dans la sphère privée où se produisent une grande partie des contaminations.
Au moins par la réduction du brassage entre ‘bulles sociales’ qu’appliquent les familles.

Mais à côté de ces éléments très positifs, force est de constater que la pression sur le système de santé reste extrêmement forte. Les services de réanimation ne sont pas saturés, certes, mais cela est obtenu par le maintien d’un nombre de lits de réanimation accru, et une extrême vigilance pour être en capacité de réagir très vite pour adapter l’offre de réanimation si la marge de 15% de sécurité devait s’amenuiser.
En effet le choix retenu par l’ARS et les équipes hospitalières de la région est de faire confiance aux acteurs hospitaliers pour maintenir le plus possible l’activité programmée tout en s’engageant à réagir avec une extrême rapidité et flexibilité si la situation s’aggravait. Stratégie expliquée dans la chronique du 15 janvier.

Et ceci est d’autant plus important que la menace d’une accélération de l’épidémie sous l’effet des variants se précise.

Trois principaux variants menacent la planète. Deux d’entre eux circulent désormais dans la région.
On les désigne par le pays où ils sont apparus. Les virologues leur ont donné un nom de code selon des règles propres au monde des virus. Pour simplifier nous les appellerons variant anglais, variant sud-africain et variant brésilien.
Nous avons longuement précisé dans la chronique du 15 janvier la raison pour laquelle les variants du virus étaient un sujet de préoccupation.
Le virus, c’est son destin, mute en permanence. Occupé qu’il est à se multiplier le plus possible pour assurer sa survie.
Sa survie dépend en effet de sa capacité à infecter une cellule, en l’occurrence du système respiratoire humain puisqu’il ne peut survivre au-delà de quelques heures dans le milieu extérieur.
Puis d’y détourner les organes de production de protéines de la cellule au profit de sa propre reproduction. Puis de se faire propulser par son hôte vers un individu sain via des gouttelettes. Propulsion facilitée par la toux. Bonne raison pour rendre son hôte malade… Mais pas trop pour que ce dernier ne soit pas cloué au lit et qu’il puisse continuer de rencontrer du monde.

Dans cette frénésie de reproduction, les multiples copies de lui-même présentent régulièrement des fautes de frappe, au hasard. Ce sont des mutations.
Elles n’ont le plus souvent pas de conséquences.
Mais parfois une suite de fautes de frappe génère une combinaison qui fait sens en donnant au virus mutant ainsi équipé un avantage compétitif sur ses frères. C’est ce que l’on entend par variant.
Par avantage compétitif, on entend qu’il lui permet d’être plus efficace pour se reproduire.
La descendance de ce virus variant présentant avantage compétitif prend alors progressivement la place la famille existante et devient prédominant.
Cela s’est déjà produit en avril où l’un des variant s’est imposé, en Chine puis dans le monde.
Cela n’a pas eu de conséquence car la mutation n’a pas modifié fondamentalement les paramètres épidémiologiques liés au virus.

En revanche il semble bien que ce ne soit pas le cas avec les variants qui sont aujourd’hui dans nos radars.
En effet, il semble que la modification constatée de la protéine de surface, de la couronne (il s’agit d’un ‘corona’-virus), lui permette de mieux se fixer sur nos cellules pulmonaires pour y pénétrer plus facilement.
De fait, sa prédominance dans les infections en angleterre s’est accompagné d’une rapide accélération de l’épidémie par transmission accrue du virus de 40 à 70%.

Cela signifie que le taux de reproduction, le fameux R effectif augmenterait de 0,4 points si le variant remplace le virus existant.
Très concrètement, cela signifie que nos capacités de ralentir les vagues épidémiques par des mesures de réduction des interactions sociale, de la distanciation renforcée jusqu’au confinement strict pourraient devenir beaucoup moins efficace.

En novembre, suite à l’intensification des interactions sociales avec la rentrée, combinée à une vague de froid, l’épidémie s’est soudain accélérée avec un taux de reproduction du virus qui est passé au dessus de 1, entre 1,2 et 1,4. Le confinement a permis d’inverser la courbe exponentielle sitôt que le taux de reproduction est redescendu autour de 0,8.
Si le variant devient dominant, il pourrait augmenter de 0,4 point le taux de reproduction, toutes autres choses égales par ailleurs.

L’effort à produire pour réduire les interactions sociales en face à face sans distanciation ni mesures barrières, source des contaminations, en serait démultiplié d’autant.
Puisque le taux de reproduction n’est plus 0,8 mais 1,2 à mesure de prévention d’intensité équivalente.
Un taux qui ne permet pas de ralentir l’épidémie. A moins de mesures encore plus importante. C’est ce que l’Angleterre a du faire. Avec succès, ce qui est rassurant : nous ne sommes pas complètement démunis.

Heureusement, il ne semble finalement pas que la gravité des symptômes du variant soient plus important.
C’est essentiellement par l’augmentation du seul nombre de cas compliqués justifiant hospitalisation et éventuellement réanimation que le variant a un impact plus fort sur le système de santé.
Il n’y a pas de raisons que l’impact du variant sur le système de santé anglais en décembre ne produise pas les mêmes effets en France.
C’est précisément pourquoi l’éventualité d’un reconfinement plane toujours.
Même si les fêtes n’ont pas déclenché de vague, car les mesures proposées ont été bien appliquées. Même si l’incidence reste stable bien qu’élevée et que les entrées en réanimation n’explosent pas.
Même si un fragile équilibre semble trouvé en ce mois de janvier entre les conséquences d’une circulation intense mais encore stable du virus et l’acceptabilité de mesures sévères mais encore acceptables.

Et c’est pourquoi la progression du variant est surveillé comme le lait sur le feu.

Et la crainte est palpable devant la perspective de voir de nouveaux variants émerger constamment ruinant à chaque fois nos efforts, sans perspective de sortie si cela affaiblit ou rend inefficace les anticorps, éloignant constamment la perspective d’atteindre une immunité collective suffisante par la maladie ou par la vaccination.
Comme semble le montrer l’épidémie brésilienne de la ville de Manaus ou l’immunité collective de 60% de la population qui semblait atteinte n’a pas empêché une nouvelle vague épidémique.
Il y a cependant un bon espoir.
En effet ce qui frappe les chercheurs c’est que les trois variants qui nous préoccupent aujourd’hui ont émergés à peu près en même temps, et de façon indépendante.
Et surtout qu’ils présentent entre eux une troublante similarité dans la mutation survenue qui leur donne ce même fort avantage compétitif.
L’explication qui commence à se dessiner est que ce serait un ensemble similaire de mutations, survenus par hasard dans trois lieux éloignés du globe qui constituerait pour le virus la martingale pour contrer efficacement nos mesures de freinage.

En effet, parmi les milliers de mutations qui surviennent depuis un an, c’est cette même combinaison ue ces trois variants ont réussi à bricoler chacun séparément qui leur donne l’avantage compétitif.
Mais c’est peut être aussi son talon d’Achille
Si effectivement cette modification, commune au trois variants leur donne cet avantage compétitif, alors il est possible que ce soit la seule possibilité pour ce virus de gagner en puissance. Et que cela s’applique à l’avenir pour tous les variants performants.
Ce serait alors une excellente nouvelle. Car un vaccin qui ciblerait spécifiquement cette mutation et donc les virus qui en sont porteurs déjouerait cette ruse désormais éventée du virus.
Les vaccins à ARN messagers présentent alors un avantage très important puisqu’il suffit alors de modifier le code de la séquence ARN qu’ils portent pour qu’elle cible la séquence de gènes efficaces pour améliorer la transmission du virus. C’est beaucoup plus difficile et surtout plus long avec les vaccins plus classiques lorsqu’il faut d’abord modifier et cultiver sous une forme inactivée pour produire des vaccins plus classique. Nous avons abordé cette question des vaccins dans la chronique du 15 janvier.

Si cette hypothèse se confirmait, cela éloignerait le spectre d’une menace récurrente de vagues épidémiques et de la revaccination régulière de la population tel le rocher de Sisyphe.
2021 s’ouvre comme le théatre d’une partie de carte qu’il nous faut jouer contre le virus. Et dans notre jeu nous disposons d’un nouvel atout avec les vaccins qui sont désormais disponibles.
En moins d’un an. Une prouesse scientifique, technique, industrielle et politique il est bon de le rappeler.

Nous avons des atouts certes.
Mais il faut finement jouer la partie :
Remporter un premier pli en retardant les entrées multiples du virus variant sur le territoire.
La carte jouée pour l’emporter est celle du contrôle aux frontières. Une fermeture étanche n’est pas possible, et le virus a déjà pénétré sur notre territoire. Mais l’identification des personnes contagieuses au point d’entrée sur le territoire par un test permet d’éviter la constitution d’une chaîne de transmission. Chaque virus identifié compte.
Remporter un second pli en retardant le plus possible la diffusion du virus variant sur le territoire. La carte à jouer est celle du contact-tracing. C’est pourquoi le dispositif a été significativement renforcé.
D’abord en renforçant le soutien à l’isolement.

Par une approche intégrée portée par les médiateurs TAP formés en nombre en janvier. Il font du « trois en un » : ils vont à domicile pour l’identification des contacts, ils font directement sur place les tests de ceux des contacts à risque présents, il proposent une solution si l’isolement des personnes positives est trop difficile à mettre en œuvre, par exemple en proposant un hébergement.
Et par un dispositif renforcé de rappels téléphonique ou SMS pour soutenir dans la durée les personnes auxquelles on a recommandé un isolement.
Enfin par une adaptation de l’algorithme décisionnel qui permet de mieux identifier les personnes les plus susceptibles d’être porteur d’un variant.
Remporter un troisième pli en tenant individuellement et collectivement de façon autonome et volontaire, dans la durée, les mesures de prévention qui réduisent la circulation du virus et par conséquent du variant. D’autant plus qu’il est plus agile.
Les français, les ligériens ont montré que c’était possible et efficace lors de la période des fêtes. Le jeu en vaut la chandelle à plus d’un titre.

Cela freine l’épidémie, retarde la montée du variant, et évite ou au moins retarde l’éventualité d’un reconfinement dans l’hypothèse où la prédominance du variant le nécessiterait. Et nous allons être aidé par les vacances scolaires dont on sait qu’elles devraient ralentir la circulation du virus.
Remporter un quatrième pli en surveillant de près les virus variants pour réagir très vite s’il devait se répandre rapidement et déclencher alors une vague intense à l’instar de ce qui s’est passé en Angleterre, en Irlande, au Portugal.

Il s’agit d’une épidémie dans l’épidémie. L’épidémie de virus variant vient superposer sa dynamique propre, à celle du virus qui circule depuis le début de cette épidémie et que nous connaissons bien désormais. Ce dernier virus circule intensément sur tout le territoire.
Il en va différemment du virus variant ou plutôt de la famille de variants. En effet comme au mois de février, ce variant ne circule pas partout.
En l’interceptant aux points d’entrée sur le territoire ou au cours de son parcours de personne à personne permet de ralentir sa pénétration.
Bien sûr, considérant sa diffusion actuelle, nous savons que nous ne l’arrêterons pas. Mais il est important de le ralentir parce qu’il est beaucoup plus contagieux et donc va requérir des mesures plus strictes pour le contrôler.
Gagner quelques mois n’aurait pas réellement d’intérêt s’il n’y avait la perspective d’une vraie diminution de l’épidémie grâce à la vaccination.
L’enjeu est donc de gagner du temps dans la course de vitesse engagée entre vaccination et diffusion du variant. C’est en effet la perspective d’un reconfinement strict qui se rapproche ou s’éloigne selon que le variant se répand rapidement ou laisse sa chance à la vaccination de protéger les plus à risque et donc le système e santé. Et cerise sur le gâteau, de ralentir la transmission si finalement le vaccin présente cette propriété.
Les mesures de contrôle du variant obéissent à deux logiques. Une logique de surveillance de la progression du variant et une logique de gestion des situations cliniques pour interrompre les chaines de transmission.

Première logique, celle de la surveillance.
Elle consiste à mesurer par sondage la pénétration du variant sur le territoire. Pour cela on reprend un échantillon représentatif du territoire français de test PCR positifs et on leur fait le séquençage complet du génome du virus responsable de cette PCR positive. Cela permet de savoir où le variant circule et quel est son taux de pénétration dans chaque territoire.
C’est en répétant à intervalles réguliers ce sondage que l’on surveille la progression du virus.
Un premier sondage a montré que le virus était bien présent en France. Que le variant anglais était prédominant parmi ces variants et qu’il était inégalement réparti entre les régions du territoire. Et qu’il représentait 3% des prélèvements PCR positifs.
Un deuxième sondage à deux semaines d’intervalle montre qu’entre le premier sondage du 7 janvier et le deuxième sondage du 27 janvier, il a progressé et représenterait un peu plus de 14% des prélèvement PCR positifs, toujours inégalement répartis.
Avec ces deux points on trace une droite. On peut donc dire dans quel sens évolue la diffusion du virus. En l’occurrence, la pente s’élève. Donc le virus progresse. Mais on ne sait pas encore s’il accélère.
Pour déduire une vitesse, il faut trois points. Si la croissance est linéaire l’augmentation sera la même sur les deux périodes de temps. Si le rythme s’accélère de façon exponentielle l’agmentation sera plus forte dans la seconde période, à venir.
C’est donc un troisième sondage et la variation de progression entre le premier intervalle – 7 – 27 janvier et le second intervalle à venir, qui permettra de savoir si accélération il y a et quelle en est l’importance.
Ce séquençage complet d’un échantillon représentatif a pour objectif d’identifier les variants parmi les trois que nous surveillons, et son taux de pénétration (le pourcentage de présence de variant parmi les tests positifs).
Mais également, parce qu’il séquence le génome complètement, il permet également de détecter d’autres mutations et de repérer l’apparition d’éventuels nouveaux variants. C’est comme cela et parce qu’elle séquence beaucoup, que l’Angleterre a mis en évidence ce variant.
Mais le séquençage complet du génome prend plusieurs jours pour chaque échantillon et le nombre d’échantillon qu’une machine peut traiter est très faible comparativement à ce qu’un automate peut faire en PCR pour le diagnostic de routine.
Par conséquent le résultat du séquençage présente un intérêt épidémiologique pour surveiller l’apparition des variants et leur impact sur l’épidémie. Mais il arrive bien trop tard pour la prise de décision concernant un patient en particulier et les mesures d’isolement à lui proposer.

C’est pourquoi, à coté de la logique de surveillance épidémiologique, il faut associer une logique de gestion de l’épidémie.
En effet, tant que le virus variant n’est pas dominant, il reste utile d’identifier les personnes porteuses du variant pour être sur que des mesures efficaces d’isolement seront mises en place afin de freiner et retarder la pénétration de ce variant.
Pour l’identifier dans des temps compatibles avec une ‘gestion’ utile de la situation, on recourt au ‘criblage’ des tests PCR positifs.
Le ‘criblage’ est en fait un séquençage à minima qui ne porte que sur la séquence de gênes qui est spécifique des variants. Cela va beaucoup plus vite, permet d’identifier les variants connus ciblés par le kit de criblage, et surtout de prendre très rapidement des décisions de gestion de la situation de la personne concernée. En particulier son isolement.
En revanche, cela ne permet d’identifier que les variants connus à ce jour. Il n’est donc pas adapté pour la surveillance épidémiologique.

Qu’en est-il de la pénétration du variant en Pays de la Loire ?

Reprenons les données de la surveillance épidémiologique conduit par Santé Publique France à partir des par séquençages faits par le Centre National de Référence (CNR) des maladies respiratoires. d’un échantillon de tests PCR positifs.
Dans ce dernier échantillon national du 27 janvierSelon le dernier décompte, 40 personnes porteuses du variant identifiées par séquençage sont des ligériens.
Deux tiers sont porteurs du variant anglais, un tiers du variant Sud-Africains.
Ce séquençage par sondage nous fournit l’information que 14 % des personnes contaminées par le virus et testées en France par PCR sont infectées par un variant.
Cela ne signifie pas que 40 ligériens seulement sont infectés par le variant.
S’agissant d’un sondage seule la proportion fait sens.
Regardons alors les données obtenues dans le système d’information SIDEP sur lequel repose la gestion au quotidien par l’ARS de ces situations d’infection.

Et intéressons-nous aux données concernant les variants identifiés par ‘criblage’ en Pays de la Loire. Un criblage a pu être réalisé à ce jourle 4 février sur les prélèvements de 979 PCR revenue positives entre le 25 janvier et le 1er février. 114 de ces prélèvements concernent un variant britannique ou sud-africain.
105 618 tests PCR et antigéniques ont été réalisés en Pays de la Loire entre le 25 janvier et le 1er février.
6494 d’entre eux sont positif pour le coronavirus. Le taux de positivité est donc de 6,1%
Parmi ces tests PCR positifs, 979 ont été repris pour leur administrer un test de criblage pour l’identification d’un variant. Représentant donc un criblage de 17% des PCR positives.
114 d’entre elles se sont révélées positives pour l’un des deux variants identifiés anglais (surtout ) et sud Africain. (Tableau)
Elles concernent inégalement les 5 départements variant d’un département à l’autre de 6% à 17% des PCR positives criblées (à l’exception de la Mayenne dont l’effectif est trop faible (4) pour que le pourcentage ait du sens).
Cela représente 11% des tests PCR positives durant la période.

Tableau SIDE^P #covid19 Chronique de Pierre Blaise du 5.02

Attention, cela ne signifie pas qu’il n’y aurait que 114 personnes touchées par un variant en Pays de la Loire puisque seul une sélection de PCR + a été criblées.
Le nombre absolu de personnes contaminées par un variant est donc bien supérieur au 114 personnes identifiés.
Et c’est bien l’enjeu de la montée en charge du dispositif de dépistage des variants de pouvoir tous les repérer … Tant que le variant n’est pas dominant … Et tant que l’on garde pour objectif de freiner plus intensément encore sa diffusion.
Dans l’espoir de faire la jonction avec l’impact de la vaccination.
Revenons alors à notre partie de cartes contre le virus.

Il nous faut encore emporter un dernier pli. Après avoir gagné du temps grâce à toutes les mesures dont nous disposons, pour ‘mener au bout’ l’atout de la vaccination, carte maitresse dont on sait qu’elle ne produit son effet ultime de maitrise de l’épidémie et de ses conséquences qu’une fois une couverture vaccinale suffisante atteinte.  A condition que le vaccin réduise la transmission, ce que l’on devrait savoir bientôt.
Et pour cela en vaccinant d’abord les personnes les plus à risque de présenter des complications on préserve d’autant la pression sur le système de soin et les services de réanimation d’une part et on évite des décès en nombre traumatisants dans les EHPAD.

Nous reviendrons dans une prochaine chronique sur cet enjeu de priorisation de la vaccination et celui de l’efficacité dans le temps des vaccins