COVID-19 : la chronique du Dr Pierre Blaise au 18 février 2022

Actualité
Photo Dr Pierre Blaise

En cette mi-février, la situation est tout à fait paradoxale. De multiples signaux donnent le sentiment que nous sommes en train de vivre la fin de la pandémie. En même temps, cette vague laisse encore les établissements et services sanitaires et médicosociaux dans des difficultés majeures. Nous sommes peut-être une fois encore à un moment clé de l’épidémie. Voyons pourquoi, voyons comment ?

En cette mi-février 2022, la situation est tout à fait paradoxale.

De multiples signaux avec la baisse rapide des taux d’incidence donnent le sentiment que nous sommes en train de vivre la fin de la pandémie et qu’elle est désormais derrière nous. Pour céder peut-être la place à une vie avec le virus devenu endémique ou saisonnièrement épidémique, s’il ne disparaît pas.

Et en même temps, cette vague pandémique en décroissance, laisse encore les établissements, les services sanitaires et médicosociaux et les professionnels de santé dans des difficultés majeures, au point que la situation est aussi, sinon plus difficile que lors des précédentes vagues, à l’exception peut-être des services de réanimation.

Mais cette fois, moins du fait de la pression des malades, que de l’absentéisme des professionnels de santé contaminés avec la même ampleur que le reste de la population.

Alors que le calendrier de levée des mesures contraignantes invite au relâchement tant attendu rappelant l’optimisme du mois de juin 2020, jusqu’à quel point et comment rester sur nos gardes pour que les leçons de cette crise ne soient effacées ?

Nous sommes peut-être une fois encore à un moment clé de l’épidémie.

Un moment charnière, avant de capitaliser sur ce que nous avons appris, tout en restant vigilants vis-à-vis de ce virus, toujours présent, avant que les « projecteurs ne s’éteignent ».

Voyons pourquoi, voyons comment ?

La vague delta a secoué fortement le système de soins en automne

Démarrée dès le 20 septembre 2021 en Pays de la Loire, avant les autres régions de France, nous étions, jusqu’au lundi 19 décembre, dans une intense vague épidémique Delta**.

Déclenchée dans la région, en avance de phase, par de très nombreux et importants clusters, liés à des activités sociales des personnes âgées de plus de 65 ans (thé dansants, clubs voyages organisés...).

** Le cours de cette vague delta est décrite plus en détail dans le complément en fin de chronique.

Cette première onde a été rapidement rattrapée par la cinquième vague de l’automne qui a touché toutes les régions de France et l’ensemble des classes d’âges.

Les admissions hospitalières ont logiquement commencé à augmenter à partir du 9 octobre 2021, trois semaines après les premiers clusters.

Elles ont augmenté de façon régulière.

La crainte était grande, alors, devant la contagiosité du variant delta, de voir saturer les services de réanimation et d’hospitalisation.

Réactivant leur organisation de crise, les établissements hospitaliers, sous l’égide de l’ARS, se sont organisés pour faire face à la vague d’hospitalisations et ajuster la stratégie, au plus près, de la situation épidémique.

Il s’agissait de préserver, en permanence, un volant de lits de soins critiques disponibles, pour accueillir l’afflux possible de malades graves, lorsque l’incidence accélèrerait à la hausse.

Tout en maintenant la prise en charge des patients non covid, qui ont besoin de réanimation et de soins critiques.

En mutualisant l’ensemble des lits de réanimation de la région, en ajustant à la hausse le nombre de lits disponibles en transformant des lits de soins continus ou intensifs en lits de réanimation, et  en déprogrammant, le moins possible, les interventions ou hospitalisations programmées non urgentes afin de libérer des équipes d’anesthésie de renfort.

Cette cinquième vague a été très forte, avec des taux d’incidence atteignant 400/100 000. Des taux aussi élevés que lors de la vague de l’automne 2020, alors que la population n’était pas vaccinée.

Révélant la contagiosité extrême du variant delta.

Contagiosité, appréhendée par le taux de reproduction, le ‘R effectif’ : alors qu’une personne en contaminait 3 lors de la première vague du virus de Wuhan et donc 250 en un mois, c’était 4,5 avec le variant alpha au printemps 2021 soit 1850 en un mois, et 7 avec le variant delta, soit … 16 000 en un mois.

Aussi contagieux que la varicelle, varicelle que nous faisons tous dans notre jeunesse !

Le système de soin a cependant tenu, face à la cinquième vague.

Ce qui a été frappant ce fut, pour la première fois, une dé-corrélation entre le nombre de nouvelles infections et le nombre d’admissions en réanimation par comparaison avec les vagues du printemps et surtout de novembre 2020.

Alors que le variant delta a fait monter le taux d’incidence aussi haut que dans les précédentes vagues, le nombre d’hospitalisations est, quant à lui, resté inférieur.

Avec une telle contagiosité, si toutes choses étaient restées égales, il aurait dû être beaucoup plus important.

C’est la vaccination de masse intervenue durant l’été, qui a fait la différence et en a confirmé l’intérêt stratégique.

D’une part, elle a freiné la transmission. Toute récente pour une très grande partie de la population elle a une efficacité partielle sur la transmission, freinant la hauteur de l’incidence qui n’a pas dépassé 400/100 000.

D’autre part, elle a réduit la proportion de formes graves. Les hospitalisations et les décès proportionnels ont été moins importants, avec 5 décès hospitaliers par jour au plus fort de cette vague, alors qu’ils étaient 20 en novembre 2020.

Reflétant la grande efficacité du vaccin à prévenir cette fois la gravité des formes cliniques chez les personnes vaccinées.

Et cette fois, grâce à la vaccination d’une très large majorité des personnes éligibles et à la prudence de tous, le pari semblait gagné de « sauver » les fêtes, en réussissant à contrôler l’épidémie, sans devoir recourir à des mesures de restriction extrêmes et sans que l’économie, ni notre vie sociale, n’aient dû être paralysées et ni le système de santé, dépassé.

Mais s’il a tenu, le système de soin et particulièrement l’hôpital public « a pris cher ».

Les soignants et leur administration sont épuisés. Et le système a été mis sous une extrême pression.

D’autant plus qu’ils sont sur tous les fronts, hospitaliers et libéraux : dépistages, vaccination, actions de prévention, accompagnement des plus vulnérables, soins...

Le 9 décembre 2021, le taux d’incidence à 393/100 000, a frôlé les 400, a franchi, alors, le pic épidémique, puis a commencé, enfin, à descendre.

Nous sommes à deux semaines des fêtes de fin d’année.

 

Mais ce que l’on redoutait est arrivé, à savoir la survenue d’un nouveau variant

Le variant Omicron est venu, une fois encore, changer la donne.
Son extrême contagiosité promettait une incidence à une hauteur jamais imaginée, menaçant de tout emporter, en dépit d’une dangerosité apparemment moindre.

La nouvelle est venue d’Afrique du sud.

Ce nouveau variant, apparu en Afrique du sud, a très vite inquiété les scientifiques.

Se propageant à une vitesse extrême, il a déclenché une 6ième vague, alors même que nous étions en train de franchir le pic de la 5ème vague.

Ce que les marins appellent une ‘vague scélérate’, lorsque dans un train de houle, une vague emprunte l’énergie contenue dans ses voisines atteignant des hauteurs extrêmement dangereuses, prenant les navires par surprise.

S’il donne moins souvent des formes graves, pourquoi fallait s’en inquiéter ?

Parce qu’avec un taux de formes cliniques graves, qui varie de façon proportionnelle à l’incidence, la propagation de l’infection qui, pour sa part, varie de façon exponentielle, aurait un effet démultiplié sur le taux d’incidence en raison de l’extrême contagiosité du variant et entraînerait un nombre de formes graves extrême, même si la gravité de ce nouveau variant apparaissait réduite.

Certes, l’expérience des pays qui nous précèdent, montrait que la gravité était moindre avec omicron.

Mais, même si le pourcentage d’hospitalisation parmi les personnes touchées est faible, une fois encore, une croissance exponentielle du taux d’incidence risquait de saturer le système de santé.

Rappelons-nous. Le raisonnement de base reste le même :

La contagiosité déterminera la hauteur à laquelle s’élèvera le taux d’incidence. C’est-à-dire le nombre de personne que le virus arrivera à contaminer, avant de finir par épuiser ses possibilités, une fois contaminées toutes les personnes vierges d’anticorps qu’il aura pu infecter.

Et la gravité déterminera le nombre de personnes qui risquent de saturer le système de soins parmi celles qui sont contaminées.

Or, cette fois, le variant Omicron a un taux de reproduction de base de plus de 10.

Sans mesure barrière, ni vaccin, une personne en contamine dix, qui en contaminent 100 qui en contaminent 1000 etc. soit en un mois … plus de 100 000.

A comparer aux 16 000 en un mois du variant delta et 250 en un moins du virus initial de Wuhan.

Avec Omicron, l’incertitude était double : jusqu’où va monter le taux d’incidence et à quelle vitesse va-t-il monter ?

Car s’il faut adapter le système de soins, il faudra aller très vite.

D’autant plus, que s’y ajoutait l’incertitude sur l’efficacité sur le variant Omicron de la protection immunitaire conférée par le vaccin utilisé ou par les infections antérieures avec des variants différents.

« Cela se jouera à pas grand-chose » avaient dit les experts de l’institut Pasteur fin décembre.

Cela s’est effectivement joué à pas grand-chose et le système de soins a été très fortement impacté.

Dans la région Pays de la Loire, les taux d’incidence ont franchi la barre des 2000/100 000 !

En à peine deux semaines.

Le nombre de contaminations doublant en, à peine, plus de de 2jours !

La pente de la courbe d’incidence est impressionnante, verticale.

Elle atteint des taux d’incidence que l’on va qualifier de « stratosphériques ».

Au point que La représentation graphique de la courbe oblige à changer d’échelle pour figurer sur un graphique, ces taux d’incidences supérieurs à 2000 ! puis à 4000 (Graphique N°1).


Graphique N° 1 Source : Santé publique France Point épidémiologique régional hebdomadaire du 10 février Pays de la Loire.

Au point que par effet d’échelle, les courbes d’incidence des vagues précédentes d’en trouvent alors aplaties et semblent dérisoires. (Graphique N° 1 et 2)

Le plus frappant est la répartition par tranche d’âge.

A la différence de la vague précédente qui avait commencé par les personnes de plus de 65 ans (Voir encadré), cette fois, le virus circule massivement chez les enfants de 0 à 15 ans qui contribuent à l’accélération de l’épidémie.

Alors que ce n’était pas le cas précédemment.

Les taux d’incidence dans cette tranche d’âge atteindront 8 0000/100 000. (Graphique N° 2)


Graphique N° 2 (Evolution du taux d’incidence par tranche d’âge en Loire Atlantique. Source : base de donnée SIDEP. Données de travail Santé Publique France en Pays de la Loire (données non encore consolidées)

Et ce n’est pas surprenant.

Avec une telle contagiosité, qui se rapproche de la rougeole cette fois, dans une logique toujours pandémique, le virus circule très intensément, sans entrave dans la population des personnes vierges de défenses immunitaire, parce qu’elles n’ont pas fait la maladie, qu’elles ne sont pas vaccinées ou, plus rarement qu’elles ont une maladie qui baissent leurs défenses immunitaires.

Or, dans la population scolaire primaire, personne n’est vacciné.

Le nombre de ces enfants qui ont fait l’infection lors des vagues précédentes reste faible.

Puisqu’ils n’ont été, ni plus ni moins, concernés que la population générale par les vagues précédentes.

Ce qui a permis de maintenir, plus qu’ailleurs, les écoles ouvertes et l’on peut s’en féliciter.

Il touche, ensuite, de façon très importante les jeunes de 15 à 30 ans.

Avec des taux d’incidence allant jusqu’à 6000/100 000.

Et cela ne surprend pas.

Leurs interactions sociales sont plus intenses et diversifiées que leurs ainés et par ailleurs, au moment où arrive la vague Omicron, leur éligibilité à la dose de rappel est nécessaire.

Or, face à omicron, la protection du vaccin contre la transmission s’amenuise après 4 à 5 mois.

A l’autre extrémité du spectre, chez les plus de 65 ans, le taux d’incidence reste là où la vague delta l’avait laissée, vers 40/100 000 jusqu’à la mi-janvier.

Laissant penser que, peut-être, l’omicron contamine moins facilement les personnes âgées. Le taux de rappel, très élevé, dans cette population, est aussi une part de l’explication.

Le taux d’incidence monte ensuite à partir de la mi-janvier chez les plus de 65 ans et atteint les 1000/100 000 fin janvier. On s’inquiète, alors, de la voir suivre la même ascension, que celui des populations plus jeunes.

On craint alors le pire pour la santé de ces populations fragiles. Et par conséquent pour le système de santé ligérien.

La diminution du taux d’incidence de cette population suivra avec un léger décalage dans le temps, comme lors des vagues précédentes.

C’est cette croissance rapide qui a fait redouter aux scientifiques, puis aux décideurs, un impact potentiel fulgurant, insoutenable, pour le fonctionnement de la santé en PDL.

Trois éléments marquent l’impact de cette vague omicron sur le système de soins.
La réanimation est proportionnellement moins impactée. Le nombre de personnes hospitalisées avec le COVID « explose ». Mais c’est d’abord en raison de l’absentéisme engendré par la vague de contaminations que l’hôpital se retrouve en très grande difficulté.

On s’attendait à ce que si la vague de contamination devait toucher l’hôpital, alors ce serait, à nouveau, les services de réanimation qui seraient particulièrement impactés. Comme lors des vagues précédentes.

Or, si le nombre de personnes présentes en réanimation est resté très élevé pendant toute la période, nécessitant de maintenir ouvert de nombreux lits supplémentaires permis par une déprogrammation concomitante, prudente et proportionnée, il est resté relativement stable.

La tendance est restée bien en deçà de l’intensité des contaminations. (Graphique N° 4)

Probablement pour deux raisons.

D’une part, et c’est bien documenté scientifiquement, parce que le variant Omicron est effectivement moins générateur des complications respiratoires que ne provoquaient ses prédécesseurs.

Il colonise d’ailleurs plus la sphère ORL que les poumons, sièges des échanges gazeux vitaux.

D’autre part, parce que la vaccination protège effectivement contre le risque de complications nécessitant des soins de réanimation.

Même si cette protection contre l’entrée en réanimation n’est pas absolue (de 93 à 98% pour les plus de 60 ans avec schéma vaccinal complet avec rappel, contre le Delta, 73 à 81% contre l’Omicron).

Avec le variant Omicron, plus encore qu’avec le variant delta, la réanimation a pris en charge essentiellement les personnes non vaccinées.

Pour apprécier la probabilité d’être hospitalisé en réanimation selon que l’on est vacciné ou non, il faut comparer le nombre d’hospitalisés vaccinés parmi la population des vaccinés au nombre d’hospitalisés non vaccinés parmi la population des non vaccinés.

L’application TousAntiCovid nous fournit cette appréciation dans un graphique qui compare les courbes du nombre d’hospitalisés en réanimation par millions de personnes selon qu’elles sont vaccinées ou non. (Graphique N° 3)

Ainsi, en France, le 8 janvier 240 personnes non vaccinées par million de personnes non vaccinées, sont en réanimation le 08 janvier 2022 (environ 1900 personnes parmi les 15 millions de français non vaccinés) quand elles ne sont que 10 personnes vaccinées par million de personnes vaccinées en réanimation (520 personnes parmi les 52 millions de français vaccinés) .

Une probabilité 24 fois plus importante de se trouver en réanimation, au plus fort de la circulation virale, lorsque l’on n’est pas vacciné.


Graphique N° 3 (Source : Application smartphone TousAntiCovid)

Les services de réanimation sont restés très pleins, pendant toute la durée de la vague avec souvent des prouesses des équipes médico-administrative des hôpitaux pour tenir la ligne de crête, afin de conserver une marge de sécurité de lits disponibles pour encaisser une croissance des admissions, toute en déprogrammant le moins possible, pour ne pas pénaliser les patients qui attendent des interventions chirurgicales programmées. (Graphique N° 4)

Parfois, il ne restait qu’un lit disponible à l’échelle d’un établissement. C’est une fois encore la solidarité entre les établissements de santé de la région, facilitant la mutualisation des lits, qui a permis de tenir la ligne de crête.


Graphique N° 4

Du côté de l’hospitalisation conventionnelle, surtout en médecine, ce fut une autre histoire.

La croissance de l’incidence à des taux « stratosphériques » a bien été responsable d’une poussée très importante des nouvelles admissions en hospitalisation.

Le nombre de personnes en hospitalisation conventionnelle avec le covid a atteint près de 900 personnes fin janvier. Le double de la vague précédente. (Graphique N° 5)


Graphique N° 5

Mi-décembre 2021, lors du pic de la vague delta, il était de 370.

Et lors la vague du printemps 2021 qui avait justifié un reconfinement national, il était de près de 600.

Mais ce chiffre de près de 900 personnes hospitalisées doit être relativisé.

En effet, combinant l’extrême contagiosité du variant omicron et la probabilité élevée d’être contaminé, un grand nombre de personnes ont découvert fortuitement leur PCR positive, lors de leur hospitalisation, alors que ce n’en était pas le motif.

Les données collectées à cet égard tendent vers une proportion de 50% au plus fort du pic.

En tenant compte de cette réserve, le nombre d’hospitalisation a donc été du même ordre que les précédentes vagues, alors que le nombre de contaminations, dans la population effaçait toute comparaison avec les vagues précédentes.

Cela s’explique par la combinaison d’une durée de séjour un peu plus courte avec omicron, combinée à une moindre gravité du variant aujourd’hui démontrée et surtout de l’effet protecteur de la vaccination contre les formes graves justifiant l’hospitalisation.

Et pourtant l’hôpital a été durement touché, mais a tenu.

L’impact a été et reste très fort sur le système hospitalier.

Mais il est très différent des vagues précédentes.

La difficulté d’absorption de cette vague d’hospitalisations finalement comparable en nombre aux précédentes vagues, tient à une différence fondamentale.

Liée là encore à la particularité de l’Omicron, son extrême contagiosité.

La vague touche en effet indistinctement la population générale et le personnel hospitalier.

En réalité plus durement même, puisqu’une large majorité des personnels est en charge de famille.

Où le virus circule intensément.

Comme dans le reste des familles en France, la probabilité d’être contact ou contaminé est devenue très élevée.

La désorganisation redoutée par conseil scientifique touche également sinon plus l’hôpital, qui doit de surcroit, encaisser l’afflux de malades de la vague épidémique, puisque c’est sa mission de soin.

« Un train en cachant l’autre », la charge en soins de la vague des hospitalisations consécutive à celle des contaminations se double d’une crise des ressources humaines sous une triple pression : la fatigue des équipes, la compétition pour les recrutements en raison de l’explosion de la demande de main d’œuvre tous azimut avec la reprise économique, et un niveau d’absentéisme jamais vu des personnes touchées en masse par la covid.

Qui peut atteindre 15% dans certains établissements.

C’est extrêmement important.

Cela entraine des réorganisations pluriquotidiennes de la répartition des équipes.

Et des fermetures de lits contraintes par l’absence de personnel pour les armer.

Venant, dans une forme de cercle vicieux, réduire la capacité de réponse de l’hôpital.

A l’heure où s’écrivent ces lignes, alors que chacun se projette dans un monde libéré du covid, l’hôpital est encore dans les difficultés, même s’il sait que la tendance est à la baisse des nouvelles contaminations.

Cela explique l’appel à la vigilance de soignants, souvent choqués de voir se relâcher la vigilance, alors que chaque contamination évitée compte encore pour ces équipes fatiguées qui restent sur le pont. Et que l’on doit saluer avec respect.

Si l’hôpital est encore sous pression, le sentiment que nous sommes en train d’en sortir, est largement partagé.

Grace à l’action combinée du vaccin et du virus.

Agissant l’un contre l’autre.

Mais, contribuant finalement, tous les deux, à élargir le nombre de personnes immunisées.

Double effet, qui sert nos intérêts en nous rapprochent d’une immunité collective.

Suscitant l’espoir de pouvoir lever la garde et reprendre la vie d’avant.

Alors ! Virus et vaccin même combat ? Ultime avant défaite du virus devant l’immunité collective chèrement acquise ?

Pas si simple !

Côté risques de faire une forme grave de la covid et de submersion du système de soins.

L’immunité conférée par le vaccin protège très bien les plus fragiles des formes graves. Les études le confirment, en particulier parmi les personnes les plus à risque de forme grave.

Et le restent suffisamment, même avec l’Omicron.

Et l’immunité humorale, les anticorps, qu’elle confère se prolonge d’une immunité cellulaire, plus durable, efficace contre les formes graves.

En conséquence, avec des taux d’incidence incomparablement plus élevés, une dangerosité moindre du variant et des taux de vaccination protecteurs très élevés, le nombre de personnes arrivant à l’hôpital pour COVID a subi une pression comparable aux vagues précédentes.

Côté transmission et risque d’être infecté et contagieux.

Le variant omicron est extrêmement contagieux.

Sa circulation n’est que modérément freinée par le vaccin dont l’efficacité avec un rappel vaccinal, de 80 à 90%% sur le risque de présenter une PCR positive en raison de symptôme ou d’un contact à risque transmission diminue à 50% après trois ou quatre mois.

Il entraîne un nombre de nouvelles infections si élevé, qu’il devient très difficile de lui échapper.

Alors, même que, ni la capacité de vaccination, ni la capacité de tester ne sont saturés, le virus va trop vite.

Pas le temps de se tester et s’isoler avant de l’attraper.

Avant même le terme échu pour le rappel, Omicron a sévi.

En conséquence, l’immunité vaccinale est en train de se faire « doubler » par l’immunité naturelle, déclenchée par l’infection.

Les personnes non vaccinées immunisées par une infection rejoignent les vaccinés, à l’immunité éventuellement « reboostée » par une infection, alors bénigne, pour contribuer à l’immunité collective.

Immunité collective qui, à terme, pourrait envoyer ce coronavirus avec les quatre autres coronavirus responsables de rhumes sans gravité.

On peut alors se poser deux questions :

  • N’atteint-on pas déjà atteint le « graal » de l’immunité collective qui annonce la fin de la pandémie et l’extinction programmée du virus et la levée permanente et définitive des mesures de contrôle qui nous contraignent depuis bientôt deux ans ?
  • Si l’Omicron n’est pas si « méchant » ne serait-t-il pas intéressant de préférer l’immunité acquise par la maladie en laissant le virus circuler et immuniser passivement la population à une vaccination qui mobilise activement des ressources précieuses ?

Pour mémoire, une telle approche avait été envisagée au tout début de l’épidémie, entre le Royaume Uni qui l’avait proposé, puis qui avait très vite fait machine arrière en voyant le prix à payer en mortalité hospitalière massive.

Ou la Suède qui a dû remettre en question son approche de circulation maitrisée du virus.

Mais il y a de bons arguments pour choisir l’injection plutôt que l’infection.

Certes, la circulation intense d’Omicron parmi les populations jeunes va leur conférer une immunité à peu de risque.

Mais il n’est pas nul. Le risque de complication cardiaque liés au vaccin chez les jeunes est quasi nul avec le vaccin Pfizer alors qu’il n’est pas négligeable avec l’infection COVID.

Un nombre non négligeable de personnes présentent de symptômes de « COVID longs », qui ne sont d’ailleurs pas corrélés avec l’âge, les facteurs de risques de formes graves ou de sévérité des symptômes initiaux.

Et cela pourrait contribuer au poids de la maladie sur le système de santé à long terme.

Le sentiment d’une épidémie devenue banale est trompeur.

 Il repose sur le constat de taux d’incidence « stratosphérique » atteignant 8000/100 000 dans les classes d’âge les plus jeunes.

Alors que le seuil d’alerte est à 50/100 000, alors même que l’hôpital a finalement tenu.

Et que la vague est passée derrière nous.

Or, certes proportionnellement moins important avec Omicron qu’avec Delta, le nombre de personne qui a dû passer en réanimation a été suffisamment important pour nécessiter de déprogrammer des interventions programmées, d’ouvrir ou de laisser ouverts un nombre significatif de lits supplémentaires de réanimation au dépend d’autres activités.

Finalement Le nombre d’hospitalisations conventionnelles directement liées au COVID a été du même ordre que les vagues précédentes.

C’est-à-dire amenant l’hôpital au bord de la saturation.

Si le pire, une fois encore a été évité, c’est bien grâce au taux de couverture vaccinale atteint préalablement et au renforcement des mesures de contrôle incitant à réduire les contacts et à intensifier les mesures barrières.

Le nombre de personnes effectivement hospitalisées en réanimation correspond peu ou prou à celui de l’hypothèse de réduction de 20% des contacts sociaux durant la vague épidémique figurant à l’un des scénarios de la modélisation publiée fin décembre par l’institut Pasteur.

Toujours selon ce même scénario de l’institut pasteur cette réduction de 20% des contact devait permettre de réduire de 50% le pic des hospitalisations.

Le nombre réel d’hospitalisation a été très proche du résultat prévu par le scénario tenant compte de l’impact prévu par le modèle des mesures de contrôles sur la transmission virale.

Il est donc très vraisemblable que sans ces mesures, le nombre des admissions à l’hôpital eussent été le double.

Une charge que l’hôpital n’aurait pas pu supporter si on avait laissé filer l’épidémie au bénéfice de l’immunité par l’infection plutôt que l’injection.

 

Au sortir de cette cinquième vague quelles sont les perspectives à court, moyen et long termes ?

Tout d’abord la vague n’est pas terminée.

Il y a encore trop de patients hospitalisés pour COVID. Et la circulation virale est encore intense à l’heure ou s’écrivent ses lignes.

Avec des taux d’incidence supérieurs au pic de toutes les précédentes vagues. Ce qui n’est pas sans conséquence sur l’organisation de la société et du système de soins en raison d’un absentéisme très élevé.

Ensuite, il reste une petite inconnue avec la rentrée scolaire.

Le retour des enfants en classe pourrait réactiver la circulation virale.

C’était ce que l’on craignait en janvier 2021 au retour des vacances de noël.

Et le rebond ne s’est pas produit. En tout cas pas avec la rentrée scolaire. Mais l’omicron n’est pas le virus de l’an dernier.

La prudence reste donc de mise, même s’il est vraisemblable que la plupart des contaminations potentielles aient déjà eu lieu dans les familles avant les vacances au vu de l’intensité de la circulation virale dans ces classes d’âge en janvier.

A moyen termes, chacun peut voir le verre à moitié plein ou a moitié vide.
Entre ceux qui trouvent que les mesures sont levées trop tôt et ceux qui trouvent que cela ne va pas assez vite. Ou d’autres encore qui se demandent si les mesures sont corrélées avec la situation épidémique.

Il y a effectivement un enjeu à ne pas mener la bataille de trop.

Trois éléments expliquent le rythme de sortie de l’épidémie qui est proposé.

Premièrement la connaissance vis-à-vis de ce variant n’est plus la même qu’il y a deux mois et la compréhension de la dynamique épidémiologique accumulée au fil des vagues permet de penser que la décroissance va se poursuivre.

Et de projeter dans le temps le rythme probable de cette décroissance.

C’est beaucoup plus facile à la descente qu’à la montée !

Deuxièmement, il n’y a pas à l’horizon de nouveau variant inquiétant d’identifié ni au niveau national ni dans les pays voisins ni même lointain.

On est plutôt dans une anticipation de la bascule vers une situation endémique. Un équilibre s’établit entre la circulation du virus dans la société et le degré de désorganisations qu’il induit. Que dans la préparation de la vague épidémique suivante de la pandémie.

Troisièmement la prudence reste tout de même de mise et le moment n’est pas à l’abandon immédiat de toute mesure de contrôle.

D’abord parce que le nombre d’hospitalisations reste très élevé.

Et que le nombre de décès quotidien reste également élevé comme il l’a d’ailleurs été lors de chaque vague. L’équilibre entre la rigueur des mesures de contrôle et le degré de circulation du virus toléré pour les rendre supportables a plutôt été calibré sur le risque de saturation hospitalière que sur le nombre de morts quotidien. Le premier étant facilement observable en temps réel, le second, indirectement lié au premier étant beaucoup plus difficile à interpréter en temps réel.

A plus long terme la question se pose de ce que va signifier de vivre avec le virus.

Puisque le plus vraisemblable est qu’il continue de circuler sur un mode endémique ou épidémique saisonnier.

Tout d’abord rien ne permet d’exclure l’émergence d’un nouveau variant ; et rien n’exclut qu’il ne soit plus grave ou qu’il échappe à l’immunité vaccinale ou liée à la maladie.

Cela interroge la suite a donner à deux de nos stratégies. La vaccination et le dépistage couplé au contact tracing.

Quelle que soit l’avenir que nous réserve le virus, on a intérêt à présenter un haut niveau de protection immunitaire y compris par la vaccination dans la population au moment ou se présenterait une nouvelle vague. Et l’on sait que le rappel entraine une élévation plus importante des anticorps que le simple schéma a deux doses.

Et il prépare également une meilleure réponse par l’immunité cellulaire, très utile dans les formes graves.

Même s’il y a un échappement immunitaire la réponse immunitaire vaccinale ne sera probablement pas effacée. Même réduite, elle sera utile.

C’est le sens aujourd’hui de poursuivre sur sa lancée un objectif de couverture vaccinale avec rappel élevée en population générale.

En tout cas, au moins pour protéger les plus fragiles tant que le virus circule encore intensément.

Se posera alors la question d’un rappel régulier. Adapté au profil de nouveaux variants.

Visant une population plus à risque, ou proposé en population générale, voire avec les vaccinations de l’enfant.

Ou en encore du constat que la pandémie passée, la vie avec le virus ne nécessite aucune mesure spécifique, rangeant le virus au rayon des 4 coronavirus qui circulent aujourd’hui

Le rythme de renouvellement éventuel de la vaccination, la population à cibler, le degré d’incitation, feront l’objet des débats scientifiques et controverses d’experts et d’arbitrages politiques comme c’est le cas pour tous les programmes de contrôle des maladies.

Le taux de dépistage est en train de s’effondrer.

Comme il suit la même pente et ne décroit pas plus vite que le taux d’incidence d’une part et que le taux de positivité continue de baisser d’autre part, cela signifie que c’est bien la baisse du nombre des infections dans la population qui explique le moindre recours au dépistage. (Voir les chroniques de l’été et l’automne 2020 pour l’interprétation des données épidémiologiques).

La question se pose alors de renoncer au dépistage, et à son coût alors que l’épidémie reflue.

A court terme, ce serait une erreur.

On est encore dans la pente de décroissance.

Et on n’est pas à l’abri d’une reprise épidémique ni de ‘émergence d’un nouveau variant.

Seul le dépistage nous permet de garder une vision sur la sortie de cette vague. Et le contact tracing de guider la réduction des interactions contagieuses des malaises et des contacts. Pour garder le rythme de décroissance.

Cependant, une fois à distance de la vague épidémique.

Il serait une folie de relâcher la surveillance épidémiologique des virus infectieux respiratoires.

Cela voudrait dire que nous n’avons rien appris. Et que la prochaine pandémie nous laissera tout aussi vulnérable qu’avant.

Mais la surveillance ne concernera plus la population dans son ensemble.

Elle reposera sur les méthodes de surveillance par des centres de référence, des sites sentinelles, des enquêtes périodiques, une surveillance virologique avec surveillance des variants par séquençage.

Certes, les médias et le grand public très impliqués, tout au long de cette crise, passeront à autre chose.

Mais l’enjeu de la sortie de crise et du passage à une phase de résilience est de ne pas renvoyer la question des épidémies à une affaire de virologues ou d’épidémiologistes.

C’est un véritable enjeu de santé publique. Qui devra mobiliser tous les outils de la santé publique, parfois défiés et malmenés par les comportements de ce virus.

Trois défis devront être relevés:

Premier défi : nous engager sur le chemin de la résilience en accompagnant ceux que la crise a « abimés ».

Deuxième défi : mettre en place un système de surveillance des épidémies politiquement porté. Et ce ne sera pas simple car cela implique une approche « One health » qui approche globalement la question des épidémies et tout leur écosystème, humain, animal et milieux. Et une approche internationale. On l’a vu, les virus ne connaissent pas de frontières et les outils pour s’en protéger non plus.

Troisième défi : tirer les leçons de la crise. Non pas pour chercher des « boucs émissaires » dont le sacrifice protégerait des désastres futurs, mais pour se projeter vers l’avenir en capitalisant sur les expériences et les avancées que la crise a provoquées et en conduisant les évolutions politiques, sociales et du système de santé pour être mieux préparés à la prévention, l’anticipation et la gestion des crises sanitaires.

Un agenda qui devra s’inscrire dans un autre agenda qui lui est finalement très lié et dans lequel il s’insère, celui des conséquences du dérèglement climatique.

 


Complément à la chronique de février 2022 :

Automne 2021, la vague Delta touche les Pays de la Loire

Jusqu’au lundi 19décembre, nous étions dans une intense vague épidémique delta.

Elle avait d’ailleurs démarré en Pays de la Loire avant les autres régions de France. Dès le 20 septembre.

Très inhabituellement, c’étaient les activités sociales des personnes âgées de plus de 65 ans qui avaient déclenché de très nombreux et importants clusters. Suite à des thés dansants regroupant plusieurs centaines de personnes, de jeux de club de troisième âge, ou encore des voyages organisés rassemblant également plusieurs centaines de personnes partageant cars, visites, hébergements, repas sur plusieurs jours consécutifs.

Les mesures de contrôle, le contact tracing et l’isolement avait permis de circonscrire ces clusters et à partir du 20 octobre, la courbe d’incidence des personnes de plus de 65 ans s’est stabilisée et a commencé à décroitre.

Malheureusement elle a été rapidement rattrapée par la cinquième vague qui se déployait dans toutes les régions, et touchant l’ensemble des classes d’âges avec une prépondérance pour les classes plus jeunes.

Les deux courbes se sont croisées mi-novembre, l’une montant rapidement l’autre descendant doucement puis finissant par remonter elle aussi à l’unisson de la population générale.

Cette cinquième vague a été très forte, avec des taux d’incidence atteignant 400/100 000 des taux aussi élevés que lors de la vague de l’automne dernier, alors que la population n’était pas vaccinée.

Témoignant de la contagiosité extrême du variant delta.

Le système de soin a tenu face à la cinquième vague.

Les admissions hospitalières ont logiquement commencé à augmenter à partir du 9 octobre, 3 semaines après les premiers clusters.

Elles ont augmenté de façon régulière et la crainte était grande, devant la contagiosité du variant delta de voir saturer les services de réanimation.

Nous avons longuement expliqué dans des chroniques précédentes comment les établissements hospitaliers, sous l’égide de l’ARS, s’organisent pour faire face à la vague d’hospitalisations. Une réunion hebdomadaire organisée par l’ARS et rassemblant représentants des médecins et de l’administration des 5 groupements hospitaliers de territoire (GHT) de la région régule la coopération et ajuste la stratégie au plus près de la situation épidémique.

Il s’agit de préserver en permanence un volant de lits de soins critiques disponibles pour accueillir l’afflux possible de malades graves si l’incidence accélère à la hausse.

Tout en maintenant la prise en charge des patients non COVID qui ont besoin de réanimation.

Cela se fait d’abord en mutualisant l’ensemble des lits de réanimation de la région : les hôpitaux moins remplis accueillent les malades des hôpitaux les plus soumis à la pression.

Ensuite en ajustant à la hausse le nombre de lits disponibles en transformant des lits de soins continus ou intensifs en lits de réanimation.

Et peut nécessiter de déprogrammer les interventions ou hospitalisations programmées non urgentes afin de libérer des équipes d’anesthésie qui viennent renforcer les services où sont ouverts des lits de réanimation additionnels.

La principale limite à l’ouverture de lits de réanimation est celle des ressources humaines très qualifiées nécessaire pour les ‘armer’.

Les capacités en 2019 étaient à 182 lits pour la région.

Elles sont portées au 21 décembre

Au cours de cette 5ième vague, le choix a été fait de déprogrammer le moins possible.

Alors que dans les vagues précédentes un volant de 15% de lits disponibles était maintenus en permanence, les établissements ont tenté avec succès de limiter au minimum possible cette marge de manœuvre, au prix d’une grande réactivité pour déprogrammer le moins possible et le plus tardivement possible et ne pas sur-solliciter des ressources humaines épuisées ni pénaliser les patients en attente d’intervention.

Depuis le 1er décembre, avec des hauts et des bas, le nombre d’hospitalisation et d’admission en réanimation est resté relativement stable autour d’un peu plus de 100 patients COVID en réanimation.

Le 7 décembre 3% des lits restaient disponibles. Avec des capacités montées à 214 lits.

Au 21 décembre 12%. Avec 101 patients covid en soins critique dont 88 en réanimation et 103 patients non covid. Les capacités ayant été montées à 231 lits grâce à une déprogrammation ajustée.

Cette évolution reflète l’ajustement continu et la réactivité dont sont capables les équipes hospitalières.

Ce qui est frappant c’est la dé corrélation entre le nombre de nouvelle infections et le nombre d’admission en réanimation par comparaison avec les vagues du printemps et surtout de novembre 2020.

Alors que le variant delta, beaucoup plus contagieux que les précédents a fait monter le taux d’incidence aussi haut que dans les précédentes vagues, le nombre d’hospitalisation est resté inférieur.

Avec une telle contagiosité, si toutes choses étaient restées égales il aurait été beaucoup plus important.

C’est la vaccination de masse intervenue durant l’été qui a fait la différence et en confirme l’intérêt stratégique.

Le taux d’incidence n’a pas été plus élevé alors que le virus est beaucoup plus contagieux.

Et les hospitalisations et les décès proportionnels ont été moins importants, avec 5 décès hospitaliers par jour au plus fort de cette vague alors qu’ils étaient 20 en novembre l’an dernier. Reflétant l’efficacité du vaccin a prévenir la gravité des formes cliniques chez le vaccinés.

S’il a tenu, le système de soin et particulièrement l’hôpital public ‘a pris cher’.

Les soignants et leur administration sont épuisés. Et le système mis sous une extrême pression.

D’autant plus qu’ils sont sur tous les fronts, hospitaliers et libéraux : dépistages, vaccination, soins.

Le 9 décembre le pic d’incidence est franchi à 399/100 000, juste sous la barre des 400 mais le répit est de courte durée avec l’émergence du variant Omicron.

Le 9 décembre à 399/100 000 le taux d’incidence régional tutoie les 400. Avec un taux de positivité élevé à 6,3.

Il commence a décroître.

Nous sommes alors à deux semaines des fêtes de fin d’année.

Grâce à la vaccination d’une très large majorité des personnes éligibles et à la prudence de tous le pari semble gagné de sauver les fêtes en réussissant à contrôler l’épidémie sans devoir recourir à des mesures de restriction extrêmes et sans que l’économie ni notre vie sociale n’ait dû être paralysée ni le système de soin dépassé.