COVID-19 : la chronique du Dr Pierre Blaise au 15 janvier 2021

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Depuis mi-décembre l’épidémie semblait sur un plateau. Calme trompeur avant une tempête annoncée ?


Corps de texte

*Les analyses présentées dans cette chronique régulière s’appuient sur le travail multidisciplinaire quotidien de toute une équipe au sein de l’ARS sans laquelle cette chronique ne pourrait exister.

Le 17 décembre, veille des congés de fin d’année, nous confirmions l’arrêt constaté le 26 novembre de la décroissance de l’épidémie et son installation à un plateau variable selon les départements de la région.

Avec une pente légèrement croissante pour les trois départements ‘continentaux, Mayenne, Sarthe et Maine et Loire, plus bas, plus stable, voire très légèrement décroissante pour les départements littoraux, Loire-Atlantique et Vendée.

Durant les deux semaines des fêtes de fin d’année, et jusqu’aux premiers jours de janvier, la courbe du taux d’incidence est restée sur ce plateau.

Mais la situation reste extrêmement fragile et peut basculer à tout moment.

D’autant plus que plane désormais la menace de nouveaux variants du virus favorisant la circulation du virus.

L’interprétation des indicateurs est rendue extrêmement difficile durant cette période des fêtes en raison du dépistage massif des personnes qui souhaitaient se tester avant de rencontrer leurs proches.

En effet, les résultats du dépistage mélangent indistinctement deux populations qui présentent des probabilités très différentes d’être positives lorsqu’elles sont testées.

Une première population des personnes présentant des symptômes ou qui sont contacts et comportements à risques.

 Ce sont essentiellement les personnes testées jusqu’à présent. Elles ont une forte probabilité d’être positives. D’autant plus que la circulation est active : si l’épidémie croit, le nombre de personnes qui se font dépister croit mécaniquement ainsi que le taux de positivité et cela se traduit par une augmentation du taux d’incidence c’est-à-dire du nombre de personnes positives pour 100 000 habitants. Et c’est l’inverse lorsque l’épidémie décroit.

Une seconde population des personnes qui se fait dépister alors qu’elle ne présente aucun symptôme mais veut savoir si elle est contagieuse parce qu’elle va rencontrer des proches. Ces personnes ont une faible probabilité d’être positives.

Le taux de positivité des tests, c’est-à-dire le nombre de personne positives parmi les personnes testées, va mécaniquement baisser à intensité constante de l’épidémie.

Entre la mi-décembre et le nouvel an, c’est l’impact de cette deuxième population sur les indicateurs que l’on a observé.

Mi-décembre et jusqu’à la veille de Noël, une augmentation soudaine et très importante du nombre de personnes testées et donc du taux de dépistage qui a doublé en 8 jours a été constatée.

Bien anticipé, cet afflux de tests n’a pas entrainé de délais de rendez-vous et surtout le délai de rendu des résultats ne s’est allongé que de 15 à 17h (+ 2 heures) ... En ne dépassant pas l’objectif d’un résultat rendu en moins de 24h donc.

Passant de 1844 tests /100 000 habitants (c’est-à-dire un peu plus de 70 000 tests réalisés dans la région durant la deuxième semaine de décembre) à 4017 tests / 100 000 habitants (c’est-à-dire un peu plus de 150 000 test durant les 7 jours précédant Noël), puis à 2193 / 100 000, (soit un peu plus de 80 000 tests durant les 7 jours précédant le jour de l’an). (Graphique 1)

L’organisation régionale du dépistage et son réseau de laboratoires a parfaitement anticipé, répondu et tenu le coup. Il convient à ce titre de saluer toutes les équipes mobilisées pendant ces fêtes de fin d’année.

Dans le même temps, le taux de positivité qui était à 4,8% mi-décembre s’est effondré à 2% à noël.

 Il est remonté à 3,8% le jour de l’an. Il poursuit son augmentation depuis. (Graphique 1)

Graphique 1 Effet du dépistage massif préventif en anticipation des fêtes de Noël : Evolution inverse des taux de dépistage et du taux de positivité. Données SIDEP

Lorsque le nombre de ces dernières personnes est beaucoup plus important que celui des personnes malades ou contact, on ne peut plus interpréter la variation du taux d’incidence en la corrélant au taux de positivité.

La variation restée modérée à la hausse du taux d’incidence que nous observons peut refléter une baisse du nombre d’infection parmi les personnes symptomatiques ou contacts, compensée à la hausse par les contaminations supplémentaires identifiées fortuitement parmi les très nombreuses personnes asymptomatiques qui se sont faites testées.

Mais cette augmentation modérée peut aussi bien signifier une poursuite à bas bruit de l’épidémie en dépit de la baisse alors faussement rassurante du taux de positivité.

Nos instruments ont donc perdu leur fiabilité durant cette période comme une boussole qui traverse un champ magnétique qui lui fait perdre le nord.

Nous n’en sommes pas surpris, nous nous y attendions, compte tenu de la forte demande de la population à se faire tester avant les fêtes.

Demande légitime. A laquelle le dispositif de dépistage régional a su parfaitement s’adapter puisque les délais de rendu de résultats des tests PCR sont restés au-dessous de 17 heures alors que le nombre de tests avait doublé d’une semaine à l’autre jusqu’à près de 20 000 tests par jour.

Au sortir de la période des fêtes, les conditions étaient réunies pour que l’accélération redoutée se produise : brassage de populations, lors des fêtes de famille de Noël et des fêtes entre amis du 31 décembre, météo plus froide, circulation préalable élevée.

Tout d’abord, nous savions que la période des fêtes (qui sont évidemment légitimes) est à haut risque parce qu’elle « brasse » des personnes appartenant à des ‘bulles sociales’ différentes et venant de différents territoires où le virus circule plus ou moins.

Une bulle sociale correspond au petit nombre de personnes avec lesquelles on partage son quotidien, au point que l’application continue de la distanciation et des gestes barrière n’est pas tenable.

C’est par exemple la cellule familiale qui partage le même toit ou le groupe de colocataires d’un appartement. Au sein de ces bulles sociales, la transmission du virus se fait donc facilement. Tout l’enjeu de la maitrise de l’épidémie est de ne pas y introduire le virus parce que l’un de ses membres s’est contaminé en dehors.

Les mesures de réduction des interactions sociales visent à prévenir le passage du virus d’une bulle sociale à l’autre. C’est les sens de mesures telles que la fermeture des espaces recevant du public, (bars, restaurants …), l’arrêt des manifestations culturelles ou sportives qui sont, autour de l’événement, des opportunités de rencontres et d’échanges d’émotions pourtant si indispensables à notre équilibre, ou encore les mesures de contrôle de la circulation du virus dans les lieux d’enseignement etc…

La période des fêtes, malgré tous les messages d’appel à la prudence, peut donc considérablement affaiblir tout ce dispositif de prévention des contaminations.

Et l’on redoutait par conséquent une flambée épidémique dans les premiers jours de janvier.

Déclenchée par les rassemblements familiaux de Noël. Amplifiée la deuxième semaine de janvier par les réveillons entre amis du 31. Sans compter les fêtes sauvages et, disons-le, un peu irresponsables de quelques-uns, en ces temps de pandémie.

Aggravée encore par la période de froid intense des premiers jours de l’année.

Sans compter que le nouveau variant anglais, d’Afrique de Sud et d’autres découverts récemment, faisaient planer une incertitude pesante, puisque qu’on ignorait l’ampleur de sa pénétration sur le territoire français.

Mais finalement l’épidémie semble avoir repris sa progression là où elle en était avant les vacances.

Est-ce le calme avant la tempête ?

L’impact des fêtes du 1er de l’an est-il encore à venir ?

Sommes-nous encore dans la phase horizontale d’une courbe exponentielle qui va soudain accélérer et se « verticaliser » ?

Que nous disent les données de ces derniers jours ? (Graphique 2)

Avant Noël, nous étions, donc, dans une sorte de « faux plat » avec une incidence, en augmentation lente.

Le taux d’incidence passe pour les Pays de la Loire de 88,5 / 100 000 habitants test positifs le 15 décembre à un maximum de 99,8 le 24 décembre. (Graphique 2)

 

Graphique 2 Evolution des taux d’incidence (Population générale et plus de 65 ans) pour 100 000 habitant sur 7 jours cumulés et du taux de dépistage. Région Pays de la Loire (Données SIDEP) Attention les données pointillées à droite des courbes ne sont pas stabilisées.

 

Cette tendance se retrouve dans chaque département respectivement entre le 15 et le 24 décembre : le taux d’incidence pour 100 000 habitants passant de :

  •  51,4 à 73,2 en Loire-Atlantique,
  • 106,9 à 117,05 en Maine et Loire,
  • 128,7 à 128 3 en Mayenne,
  • 161,18 à 148,69 en Sarthe
  •  et 88,4 à 99,8 en Vendée.

Les départements continentaux de Mayenne et de Sarthe qui ont connu la décroissance la plus lente de la vague de novembre restent à des taux élevés, supérieur à 150/100 000 en Sarthe mais sont plutôt sur un plateau descendant.

Le WE de Noel, est marqué par une baisse marquée du taux d’incidence et surtout du taux de positivité en lien avec le dépistage préventif massif de populations moins à risque dans tous les départements. Le taux d’incidence des Pays de la Loire redescend à 83, 1 tests positifs pour 100 000 habitants le 26 décembre avec un taux de positivité à 2,3%.

Au sortir de cette période ininterprétable pour juger de la progression épidémique en raison des dépistages massifs de jours précédant Noël la progression des contaminations reprend.

Le taux d’incidence remonte régulièrement pour atteindre un pic à 124, 7 le 9 janvier en Pays de la Loire. Cette tendance se retrouve dans tous les territoires.

Durant la même période, le taux de positivité connait une accélération rapide avec un quasi doublement de 2,4% la veille de Noel à 4, 2 le 1er janvier. Puis continue d’augmenter jusqu’au 7 janvier atteignant le seuil de 5%.

Cela reflète probablement les contaminations des fêtes de noël dans un premier temps, puis celles du réveillon du premier de l’an.

Le plus inquiétant se produit entre le 7 et le 9 janvier où le taux d’incidence accélère soudain passant de 107 à 124 /100 000.

Et cette tendance se retrouve dans tous les départements 111 à 135 en Vendée, 121 à 126 en Sarthe 125 à 160 en Mayenne, 108 à 128 en Maine et Loire, 96 à 109 en Loire-Atlantique qui franchit à l’occasion le seuil de 100/ 100 000, alors qu’il était descendu au-dessous du seuil critique de 50 pour 100 000 début décembre.

Nous sommes très précisément à une semaine du réveillon du premier de l’an date à laquelle sont susceptible d’apparaitre les contaminations du réveillon après deux jours d’incubation deux à trois jours pour voir se développer les symptômes puis la prise de rendez-vous de tests et de leur résultat.

Le 9 janvier, devant cette brusque accélération du taux d’incidence, nous somme convaincus que nous observons l’accélération exponentielle des contaminations que nous redoutions, faisant suite aux brassage des fêtes, en particulier du 31 décembre.

Ce serait donc le début de la troisième vague.

Et elle surviendrait dans un contexte de forte préoccupation, doublée d’incertitude concernant le variant anglais pour lequel nous attendons avec inquiétude les résultats de l’enquête qui en évalue l’impact et la répartition territoriale.

Parallèlement, il est constaté une forte augmentation des taux de positivité des tests des jeunes de moins de 15 tout à fait atypique.

Qui démarre dans les tous derniers jours de décembre.

Et concerne 4 départements de la région, à l’exception de la Mayenne.

Or, on vient d’apprendre que le variant anglais semble circuler plus intensément chez les enfants.

Heureusement la hausse du taux d’incidence ne se poursuit pas au-delà du 9 janvier. Il baisse et se stabilise.

Le 15 janvier il est redescendu à 109 pour 100 000 habitants, avec un taux de positivité à 4,4% pour la région et la tendance est la même dans les cinq départements.

Et la variation du taux de positivité des enfants de moins de quinze ans est revenue à la situation antérieure.

La stabilité, en plateau, de l’occupation des lits de réanimation confirme l’absence d’impact important de la période de Noël.

 Il est un peu tôt concernant les conséquences des fêtes du premier de l’an.

La marge de 15% de lits de réanimations pour absorber une accélération est préservée et le nombre de patients non covid sont pris en charge, confirmant la capacité du système de santé ligérien à poursuivre la prise en charge des autres malades.

La pression reste néanmoins très forte sur le système de santé, puisque cela est obtenu avec une organisation exceptionnelle, qui maintient armés 250 lits de réanimation.

Bien entendu, au 15 janvier le recul est encore très insuffisant pour tirer des conclusions et surtout en déduire une tendance, même à cout terme, encore moins à moyen ou long terme.

Mais il semble bien que l’impact des fêtes de fin d’année est resté très modéré.

Que les ligériens ont pris les devants en se testant massivement.

Qu’ils ont été prudents et ont probablement tirés les conséquences des tests lorsqu’ils étaient positifs et ont suivi les recommandations de restreindre autant que possible la jauge d’invités.

Les fêtes du réveillon du 31 décembre ont produit des contaminations plus importantes mais qui sont restées « raisonnables ».

Et surtout le fait que la poussée épidémique qui démarre le 7 janvier n’accélère pas au-delà du 9 janvier pourrait laisser penser que ceux qui ont pris un peu de risques, en auraient ensuite maitrisé les conséquences, peut être en réduisant les contacts après la fête. Au cas où !

Cela serait un excellent témoin de la résilience des ligériens qui maitriseraient de mieux en mieux les paramètres de contrôle de l’épidémie.

Cela positionne les Pays de la Loire dans une situation épidémique qui, certes intense, et très fragile est restée jusqu’à présent sous contrôle.

Un atout au moment où commence la vaccination, dont on sait qu’elle prendra du temps.

Un atout également alors qu’on ne sait pas encore quel sera l’impact de la diffusion potentielle des récents variants de la COVID.

Or, le week-end du 16-17 janvier marque peut-être un tournant. Les taux d’incidence augmentent à nouveau. Et de manière plus marquée en Sarthe.

Est-ce un artéfact lié à la collecte des données ? Est-ce un effet retard des fêtes de fin d’années ? Est-ce déjà un début d’impact des virus variants de la Covid 19 ? Est-ce une nouvelle ruse du virus ?

La vigilance la plus grande est de mise.

Vigilance d’autant plus grande que la circulation des nouveaux variants du coronavirus pourraient changer la dynamique épidémique et nécessiter l’ajustement de la stratégie.

Qu’est-ce qu’un variant ?

Sont-ils le fruit de mutation ?

Quels sont les variants dont on parle ?

Sommes-nous concernés ?

Quels en sont les conséquences ? sur la maladie ? sur l’efficacité du vaccin ? sur la nature et l’intensité des mesures de contrôle ?

Et au fait, comment travaille un virus ? et son vaccin,

Prenons ces questions l’une après l’autre

Tout d’abord le virus : sa vie son œuvre.

La vie d’un virus, comme celle des organismes vivants est toute entière orientée à se reproduire.

Or, un virus ne peut survivre, en dehors d’une cellule vivante qu’il squatte et dont il utilise les outils pour se reproduire.

Sa survie passe par sa capacité à infecter des cellules et en détourner les outils au service de sa démultiplication.

En simplifiant, il lui faut donc s’introduire dans un organisme, pénétrer dans une cellule, détourner les outils de cette cellule pour qu’il lui assure de se démultiplier, puis permettre à sa descendance de quitter la cellule et trouver le chemin d’un nouvel hôte à infecter.

Le virus dispose d’un dispositif d’approche et de reconnaissance des cellules cibles qu’il va infecter et d’une clé d’ouverture spécifique de la cellule cible qui convient pour sa reproduction. Cette clé se trouve sur la couronne qui l’entoure (C’est un Corona-virus !).

L’organisme fabrique des anticorps capables de reconnaitre le virus et de venir ficher une fausse serrure sur la clé pour l’empêcher d’ouvrir la serrure d’entrée de la cellule qu’il veut infecter.

Mais pour que l’organisme puisse fabriquer la fausse serrure bloquante, il lui faut la clé d’origine. C’est donc lors du premier passage du virus qu’elle va lui être donnée. C’est-à-dire lors de la première infection.

Mais pour développer ces anticorps et bloquer le virus, lui faut un petit peu de temps. C’est le temps pendant lequel se développe la maladie. Autrement dit, le temps pour repérer la clé, en faire une empreinte, concevoir la fausse serrure puis la fabriquer en série et la diffuser en masse là où sévit le virus à bloquer.

Puis, une fois ses clés bloquées par les fausses serrures, le virus qui ne peut plus s’accrocher et pénétrer une cellule pour se reproduire, finit par disparaitre sans plus se multiplier. La maladie guérit et le malade n’est plus contagieux.

Une fois le virus parti, l’organisme garde la carte de propriétaire de la clé avec le précieux code qui va lui permettre de fabriquer très rapidement de nouvelle fausses serrures bloquantes dès que le virus tentera à nouveau de squatter ses cellules pour se reproduire.

Ensuite le vaccin : un parfait faussaire

Le vaccin c’est en quelque sorte un kit de fabrication des fausses serrures fourni à l’organisme avec modèle et mode d’emploi.

L’aspect, la composition et le mode d’action du kit sont différents d’un vaccin à l’autre.

Certains types de vaccins ne transmettent que la carte à code de la clé du virus, s’arrangent pour qu’elle glisse, lors de la vaccination, dans une cellule musculaire de l’organisme dont les outils cellulaires vont fabriquer des doubles de clé et les larguer dans l’organisme.

La présence de ces clés étrangères sont identifiées comme telles par des cellules de défense spécialisées qui vont fabriquer des fausses serrures pour les bloquer. Comme si le virus lui-même était passé par là, laissant trainer ses clés.

Si le virus se présente, le système immunitaire sera en capacité de réaliser à grande vitesse des fausses serrures pour bloquer les clés d’entrée du virus dans les cellules respiratoires.

C’est un peu comme cela que fonctionne le vaccin à ARN.

D’autres vaccins transmettent un virus inoffensif sur lequel on a accroché des copies de la clé dont le virus de la covid 19 se sert pour pénétrer les cellules. Et le même phénomène se produit.

D’autres encore consistent à injecter un coronavirus, tué ou sérieusement abimé au préalable, mais en lui conservant ses clés intactes dans sa couronne ou ce qu’il en reste.

Il ne pourra pas infecter la personne car il est mort ou trop faible mais la clé sera identifiée comme étrangère et menaçantes et les fausse serrures fabriquées.

Dans tous ces cas, si plus tard le virus se présente, même pour la première fois, l’organisme va repérer la clé dont se sert le virus, la comparer avec la carte à code ou l’empreinte de la clé donnée lors de la vaccination et fabriquer à toute vitesse les fausses serrures bloquantes.

Grâce au vaccin, l’organisme peut donc se débarrasser du virus alors qu’il ne l’a jamais rencontré en neutralisant immédiatement ses clés d’entrée dans les cellules où il cherche à se reproduire.

Et puis les mutations : des erreurs de copie à répétition, au hasard. Mais un hasard qui parfois fait bien les choses … pour le virus. Pour le meilleur … ou pour le pire.

Coté virus, dans sa frénésie de reproduction en se servant des outils de copie de nos cellules, il commet en permanence des fautes de frappe. Parfois sans intérêt parfois plus importantes. Parfois concernant des chapitres de son mode d’emploi utiles à sa survie, parfois non. Ces erreurs de copie représentent des mutations.

Parfois ces mutations, ces « fautes de frappe » concernent une phrase entière dont elles modifient le sens. Si la phrase modifiée concerne le mode de fabrication de la clé d’entrée dans les cellules, alors la forme de la clé et ses performances peuvent être modifiées.

Elle peut alors ne plus rentrer dans la cellule, ou se gripper.

Ou à l’inverse ouvrir les cellules encore plus vite et plus facilement ou encore ouvrir d’autres types cellules qui conviennent aussi pour sa multiplication et provoquent éventuellement des pathologies plus grave ou plus compliquées.

Les conditions sont alors réunies pour que la sélection naturelle fasse son travail. Logiquement ce sont les virus qui ont les clés les plus performantes qui se multiplieront plus rapidement et finiront par être les plus nombreux, évinçant leurs rivaux moins efficaces.

Ce virus variant, qui reste un coronavirus de la COVID 19, a des caractéristiques reproductibles qui ont été sélectionnées pour leur efficacité qui lui permette de se distinguer de ses congénères, voire de les remplacer

C’est ainsi qu’émerge un ‘variant’.

Le processus de mutation, permanent, continu, normal, qui n’inquiète personne, en tout cas pas les virologues qui les surveillent aboutit, donc parfois, à l’émergence d’un variant.

En soi, l’émergence d’un variant ce n’est pas non plus inquiétant, ni dangereux et absolument pas une surprise.

Chaque année, les industriels des vaccins s’appuient sur les virologues qui chassent les variants du virus de la grippe dominant dans l’hémisphère sud pendant l’hiver précédent pour préparer une recette adaptée du vaccin de l’hiver à venir dans l’hémisphère nord.  

L’émergence d’un variant n’inquiète personne tant que les modifications de comportement du virus variant ne modifient pas fondamentalement l’épidémie en la rendant plus grave. Et c’est pour cela qu’on les surveille.

L’obsession du virus, nous l’avons dit, est de se multiplier.

Pour rendre sa multiplication plus efficace, le variant peut avoir pour caractéristique d’avoir rendu la maladie qu’il provoque moins grave, voire asymptomatique. Tant qu’elle reste efficacement transmissible, ce virus survit incognito ou presque et personne ne cherche à l’éliminer.

Un variant peut également avoir rendu la transmission plus facile.

Sans modifier le cours de la maladie.

Par exemple par des améliorations de sa clé d’entrée dans les cellules ou dans la performance de son radar de reconnaissance des cellules qui conviennent à sa reproduction.

Si cela fonctionne, ce virus va contaminer plus de personnes.

Tout en les rendant suffisamment malades pour contaminer en toussant autour d’elles, mais pas trop pour qu’elles continuent à fréquenter suffisamment de personnes indemnes à contaminer.

Il existe, en effet, un subtil équilibre entre la gravité de la maladie provoquée par le virus et la contagiosité du virus qui déterminent la dynamique de l’épidémie dans la population.

Si l’apparition de variants est si normale, faut-il s’en inquiéter ?

Ce n’est donc pas l’apparition de variants, qui a de l’importance en soi, mais l’évolution de la dynamique épidémique qu’ils sont susceptibles de provoquer.

Depuis le début de l’épidémie de nombreuses mutations ont été observées et l’apparition de quelques variants.

En particulier, au mois d’avril, le virus original a été remplacé par un variant plus efficace.

 Mais il n’y a pas eu de modification de la dynamique de l’épidémie, la transmission n’a pas été changée, ni la nature des symptômes, mortalité/morbidité sont restés les mêmes.

Ce qui préoccupe aujourd’hui c’est qu’en Angleterre, l’épidémie a présenté deux modifications importantes dans sa dynamique, qui coïncide avec des territoires où un variant particulier a été identifié.

D’une part, elle a connu une accélération qui a été plus rapide que ce qui était attendu. La transmission, le taux de reproduction, le R0 semble 40 à 70 % plus élevé.

D’autre part, on constate un nombre d’enfants de moins de quinze ans beaucoup plus souvent contaminés.

Et les mutations observées sont compatible avec ces évolutions.

En revanche, il n’a pas été observé de modification des manifestations cliniques de la maladie. En particulier en ce qui concerne le risque de complications nécessitant des soins de réanimation ou la létalité.

Le Royaume Uni, fait, aujourd’hui, face à un rebond épidémique particulièrement important, que le confinement, pourtant sévère, n’arrive pas à endiguer.

Un autre variant en provenance d’Afrique du sud se manifeste également par une augmentation de la contagiosité sans modification des caractéristiques cliniques.

Il n’y a donc pas d’inquiétude concernant les modalités de prise en charge des malades ni leur pronostic lorsqu’ils peuvent être pris en charge. En d’autre termes, la maladie provoquée par ces variants n’est pas plus grave. … sauf si le volume de patients sature la réponse hospitalière, ce qui est le cas de beaucoup de territoires en Angleterre.

Individuellement, tant que l’on accède aux soins, le risque de complication ou de décès, non négligeable et très lié à l’âge ou à des facteurs de comorbidité, n’est pas plus élevé qu’avec la forme que nous connaissons jusqu’à présent.

Nous avons, à maintes reprises, expliqué, dans cette chronique, que le principal problème posé par ce coronavirus, qui justifie les mesures exceptionnelles qui sont prises, est le risque de saturation des services de réanimation.

Or, il s’agit d’une pandémie à virus émergeant, pour laquelle la totalité de la population n’avait aucune défense.

Par conséquent, tant que le taux de reproduction effectif est supérieur à 1, c’est-à-dire qu’une personne en infecte plus d’une, la croissance est exponentielle. Et tôt ou tard, les capacités de réanimation sont dépassées, quelles qu’elles soient.

C’est la perversité absolue de ce virus de déclencher une « frappe chirurgicale » sur les services de réanimation et d’hospitalisation, qui, finalement ne concerne qu’un nombre limité de personnes, mais qui arrivent en masse et dans la durée, ce qui suffit, comme des dominos, à déstabiliser tout le fonctionnement de l’hôpital, saturant les services d’urgence, d’hospitalisation, de réanimation, et enfin tout le système de soins.

Accepter la saturation de la réanimation, puis de l’hôpital tout entier, par les malades du COVID conduirait inévitablement à devoir faire des choix entre les malades graves du covid, pourtant éligibles à la réanimation, mais ne pouvant tous être pris en charge. Et à renoncer également à la prise en charge en réanimation d’abord, dans les services d’hospitalisation conventionnels ensuite, de malades présentant des pathologies soignées aujourd’hui : AVC, Infarctus, cancer etc...

L’intolérable de cette situation fait intuitivement consensus.

 La rapidité d’évolution du nombre patients touchés par la COVID, au détriment des autres est perçue comme inacceptable et justifie des mesures de contrôle exceptionnels.

Ce sont ces mesures de contrôles qui seules permettent de maintenir l’épidémie sous contrôle.

Après presqu’un an de recul, on constate que lorsque l’incidence est maintenue en deçà de 50 / 100 000 personnes testées positives par habitant, cumulé sur 7 jours glissants, le flux d’entrée en réanimation est très faible, et le risque de cluster en EHPAD significativement réduit.

C’est donc toujours l’objectif à atteindre.

C’est tout l’enjeu des mesures barrières et de distanciation. Jusque dans leur forme collective, imposée et extrême de couvre-feu, ou de confinement.

Il s’agit de freiner la circulation du virus.

Et c’est très précisément la capacité de freiner la circulation du virus que les variants identifiés vient soudainement modifier.

La perversité de ce variant est qu’en ne changeant qu’une variable : la contagiosité, il vient mettre à mal l’arme principale à notre disposition, la prévention des contaminations par la réduction des contacts et des interactions physiques favorables à la transmission.

En effet, 40 à 70 % plus contagieux, il augmenterait selon les estimations des experts de 0,5 points le taux de reproduction R.

Lors de la deuxième vague, les mesures de confinement de novembre ont réduit le taux de reproduction autour de 0,7. Autrement dit, dix personnes contaminées n’en contaminant que 7, l’épidémie ralentit, faute d’opportunité suffisante pour le virus de se reproduire.

Le taux de reproduction dans la région reste aujourd’hui autour de 1,1 une fois levée prudemment une partie des mesures de confinement.

La croissance étant exponentielle tôt ou tard l’épidémie est susceptible d’accélérer.

Si le variant devient dominant, le taux de reproduction prend 0,5 points supplémentaires.

Cela signifie qu’avec les mesures de confinement permettant d’atteindre aujourd’hui 0,7 il ne serait plus possible avec le variant de descendre au-dessous de 1,2. Et dans les conditions présente de contrôle des interactions, il serait avec le variant de 1,6 un risque majeur de flambée épidémique.

C’est précisément et exclusivement cette élévation du taux de reproduction R que nous redoutons avec l’apparition des variants anglais et sud-africains. 

Il est donc primordial de garder l’épidémie sous contrôle.

Aujourd’hui nous disposons d’une arme supplémentaire majeure le vaccin.

C’est une prouesse scientifique et technologique exceptionnelle et une très grande chance de pouvoir disposer de ces vaccins.

Ils ont pu être développé en un temps record, parce qu’ils ont bénéficié de conditions exceptionnelles.

D’abord, une collaboration scientifique mondiale exceptionnelle qui a permis de mettre à disposition très tôt les données et caractéristiques du virus.

Ensuite une mise de fonds très importante et relativement coordonnée de tous les états de la planète, pour éviter les effets pervers d’une concurrence sauvage entre laboratoires et entre pays.

Enfin une rapidité de développement permise par le raccourcissement des périodes entre les étapes de développement habituels des vaccins en permettant, grâce à un financement inédit, la prise de risque de démarrer une étape subséquente avant d’être sûr de l’aboutissement de la phase précédente.

L’efficacité des premiers vaccins est très élevée. Et ce n’était pas automatique puisqu’un nombre important de candidat vaccins ont également échoué ou prennent du retard.

L’objectif principal de réduction des formes graves de la maladie a été un facteur d’accélération du processus.

En effet, la démonstration d’un impact significativement favorable avec une diminution de la gravité chez les personnes vaccinées, demande des essais cliniques beaucoup moins lourds que la démonstration d’une réduction de la transmission.

Pour autant les étapes normales de tests et de validation n’ont pas été dégradées.

Et les procédures administratives, allégées et accélérées.

L’une des craintes avec un nouveau vaccin est l’apparition de complications ou d’effets indésirables grave rares.

En effet ils peuvent, alors, mettre du temps à se révéler, dépendant de l’intensité de la vaccination.

Les circonstances de la vaccination contre la Covid, qui voient plusieurs millions de personnes vaccinées en quelques semaines apporte désormais très rapidement la réponse quant à la survenue d’effets indésirables graves. Et elle est favorable.

L’objectif du développement d’un vaccin pour la Covid 19 cible avant tout la réduction de la morbidité.

L’enjeu est alors de diminuer la survenue de formes graves de la Covid 19.

Celles qui envoient les malades en réanimation ?

Celles qui justifient des mesures de contrôles si coûteuses socialement, économiquement et au niveau sanitaire.

C’est, précisément, la raison pour laquelle il est logique de commencer la vaccination par les personnes qui ont la plus forte probabilité de se retrouver en réanimation, si elles sont infectées, l’âge étant le facteur de risque le plus important, ou d’être prises dans la tourmente et les risques vitaux de la survenue d’un cluster en hébergement collectif pour personnes âgées.

L’objectif est de réduire le risque de saturation des services de réanimation et d’hospitalisation, qui est, au fond, le problème de santé publique principal de cette épidémie.

Et il est directement proportionnel au nombre de personnes à risque vaccinées.

Autrement dit, chaque personne à risque, vaccinée est une hospitalisation potentielle évitée. Le vaccin agit sur les conséquences de l’épidémie, sur le système de soin.

Si les vaccins protègent des formes graves de la Covid, il n’est pas encore démontré que la vaccination permet de réduire la transmission.

On ne sait pas encore – mais on le saura- si la vaccination va contribuer à freiner l’épidémie.

Et si c’est le cas, à partir de quel degré de couverture vaccinale dans la population générale...

Mais, il va falloir de la patienc,e car la vaccination d’une proportion suffisante de la population prendra du temps.

Si les premiers vaccins Pfizer et Moderna ont une efficacité remarquable, les conditions de leur stockage et de leur transport ne facilite pas le processus.

Le vaccin amène dans l’organisme des brins d’ARN. Ils sont très fragiles.

Comme nous l’expliquons plus haut, le vaccin ARN est une sorte de carte qui porte le code, qui permettra aux cellules musculaires où est injecté le vaccin, de faire des copies de la clé identique à celles du virus pour stimuler la production d’anticorps.

Pour protéger ces brins d’ARN et qu’ils ne soient pas cassées dans les chocs ou le transport, et qu’au moment de la lecture de leur code, une fois injectés, on se retrouve devant une ‘carte muette’, ils sont donc conservés à - 80 degrés.

Cela complique sérieusement la logistique.

Le vaccin doit être acheminé vers les « supers congélateurs » dans des conditions spécifiques.

Au-delà du transport et des conditions de conservation à de telles températures, l’accès au vaccin par -80° nécessite des précautions particulières de manipulation.

Il est conditionné – et donc déconditionné - dans des sortes de « boites à pizza » rangées dans des congélateurs dédiés. Chaque boite contenant 190 flacons de 5 cinq doses soit près de 1000 doses.

Ensuite, une fois décongelé le vaccin doit être utilisé dans les 5 jours et conservé au froid.

Pour être injecté, il doit être reconstitué en le diluant. Il doit alors être utilisé dans les 6 heures.

Avec de telles contraintes, il n’est pas possible d’envisager de vacciner au fil de l’eau comme on le fait pour la grippe ou le DTP, sans risque de pertes conséquentes ou de vaccinations inefficaces

Au moment où un lot de 1000 vaccins sort du « super congélateur », le compte à rebours est commencé.

Il faut savoir dès ce moment où, quand, combien, et qui sera vacciné.

Ce sont ces contraintes qui ont conduit à retenir le principe d’un flux dit ‘poussé’.

Autrement dit, une fois que l’on sait où, quand, combien, et qui sera vacciné, on peut pousser le paquet de vaccins hors du congélateur vers les sites de vaccination collective : un établissement comme un EHPAD ou un centre de vaccination sur rendez-vous.

On dispose de 5 jours maximum pour tout utiliser.

Une fois cette modalité précisée, vient la question du rythme auquel peut être déployée la campagne de vaccination.

Vaccins, de la méfiance à l’impatience.

Le défi principal identifié lorsque les modalités de vaccination ont été élaborées était de dépasser la méfiance exprimée par la population à l’égard de ce vaccin élaboré en un temps record.

C’est pourquoi les modalités d’organisation mettaient l’accent de façon peut être excessive sur tout ce qui pouvait contribuer à gagner la confiance des usagers.

Les débats ne portaient pas sur le calendrier de déploiement de la vaccination. Et des centres permettant un haut débit de vaccination étaient tabous.

La donne a changé au cours de la période des fêtes.

La méfiance est devenue impatience sous l’influence conjuguée de trois facteurs.

L’apparition du variant anglais accélérant soudainement et de façon très importante l’épidémie au point qu’elle fut déclarée par le gouvernement anglais ‘hors de contrôle’.

Le démarrage très rapide de la vaccination en Angleterre, en Italie ou en Allemagne devant la flambée épidémique en Europe.

Et l’engagement de professionnels de santé considérant que c’étaient aux personnes favorables à la vaccination de donner le tempo et non aux personnes anti-vaccins.

 

C’est un tournant salutaire. Une excellente nouvelle. Désormais les personnes favorables à la vaccination sont plus nombreuses que celle qui doutent de son intérêt.

Cette nouvelle donne a été l’occasion d’accélérer de façon très marquée le calendrier de déploiement.

Toutes les étapes ont été avancées et amplifiées au maximum possible compte tenu de la capacité de production des vaccins.

Le défi était immense.

La décision a été prise le jeudi 31 décembre au soir pour une mise en œuvre opérationnelle dès le lundi matin suivant. Comme pour la mise en œuvre d’un dépistage de masse durant le WR=E du 14 juillet, une mobilisation intense a permis de relever ce défi.

Et cela s’est encore accéléré avec la décision après une semaine seulement de rodage d’étendre la vaccination aux personnes de plus de 75 ans, nécessitant en quelques jour de monter un dispositif initialement planifié pour une montée en charge progressive au fil de la confiance gagnée dans la vaccination.

Le nombre de vaccination quotidienne a crû de façon exponentielle. Et cela continue. 318 000 personnes vaccinées en France en deux semaines.

La totalité des rendez-vous du mois de janvier dans les centres qui ouvriront la vaccination des plus de 75 ans saturée en moins de 4 heures.

Désormais la capacité de production et d’approvisionnement des stocks de vaccins est le principal goulot d’étranglement de la campagne de vaccination.

Le dispositif est désormais en place et prêt à accélérer au fil des approvisionnements.

Et la nécessité de contenir l’impatience enfin retrouvée de se faire vacciner.

En ce début 2021, nous sommes à un tournant.

Avec des opportunités importantes de voir enfin le bout du tunnel.

Mais aussi avec des risques importants de troisième vague en raison des variants du virus qui changent la donne épidémiologique.

Il nous faut désormais mobiliser pleinement les trois leviers de maitrise de cette épidémie :

Plus que jamais les mesures barrières et de distanciation qui pèsent si lourd sur notre vie économique sociale et mentale. Il faut tenir le taux de reproduction sous la barre de 1, et ce sera particulièrement exigeant si le nouveau variant anglais s’installe.

Ne surtout pas baisser les bras dans la mise en œuvre de chaque branche du triptyque « Tester alerter protéger », en s’appuyant, notamment sur les médiateurs de lutte anti-Covid et leur approche globale qui intègre réalisation du test, identification des contacts et surtout aide soutenue à l’isolement sans lequel le test est inutile. Nos capacités de tests sont à la hauteur des besoins leur démultiplication sans défaillance avant noël l’a démontré. Le défi sera pour les semaine qui vienne la montée en puissance du dépistage dans les écoles, pour traquer sans relâche le nouveau variant.

L’enjeu renouvelé du contact tracing est désormais de freiner le développement des variants plus contagieux pour les empêcher de s’installer, en repérant et cassant les chaines de transmission, qu’il faut interrompre en aval et remonter en amont.

Enfin vacciner le plus possible et le plus rapidement possible les personnes à risques de faire des formes compliquées de la Covid candidates potentielles à des soins de réanimation afin d’éviter la saturation des services e réanimation si nous devions faire face à une troisième vague.

La situation épidémiologique est extrêmement fragile et peut basculer à tout moment. La mobilisation de tous sur ces trois axes est notre meilleure assurance pour que 2021 puisse être la fin de cette épidémie qui nous épuise tous.