COVID-19 : La chronique du Dr Pierre Blaise au 12 juillet 2021

Actualité
Photo Dr Pierre Blaise

Des indicateurs épidémiques orientés à la baisse, signaient la fin de la troisième vague à l’entrée dans la période estivale. Mais le variant delta, dopé à la mutation L452R, lance son "attaque" plus tôt qu’attendu. Plus le choix ! Il faut se lancer à sa poursuite. [...]

[...] Nous pouvons encore le rattraper grâce à la vaccination qui reste efficace, l’enfermer dans le peloton et neutraliser toute nouvelle échappée. Mais à condition de réagir sans délai et surtout de jouer collectif.

 

« Des indicateurs tous orientés à la baisse à l’entrée de l’été ».

Ainsi s’ouvrait cette chronique, encore sur l’établi, au début de la semaine.

Mais en deux jours la situation s’est soudain inversée.

Les indicateurs étaient tous orientés à la baisse, avec un taux d’incidence à 9/100 000, un chiffre qui n’avait pas été atteint depuis un an en Pays de la Loire.

Mais le taux d’incidence vient de faire un touch and go sur le seuil des 10/100 000,

Et repart à la hausse.

Le variant delta, identifié pour la première fois en Inde, avec lequel nous nous expliquions dans une première version de cette chronique que nous étions engagés dans une course de vitesse vient de lancer son attaque et part bientôt seul en tête dans une ascension, qui pourrait être très rapide.

Alors que l’on attendait son "attaque" en septembre, c’était d’ailleurs l’objet de la chronique de fin de vague 3, et qu’il s’agissait de bien mettre à profit les semaines d’été pour anticiper, afin d’éviter, grâce à une couverture vaccinale plus confortable, cette possible 4ème vague annoncée par les experts, le variant delta est en train de devenir dominant.

Et comme il est plus contagieux puisque sa transmissibilité est augmentée de 60 % par rapport au variant Alpha, en raison de sa mutation L452R qui lui donne un avantage compétitif, il fait repartir l’incidence à la hausse.

Se diffusant rapidement et facilement dans la population des moins de 30 ans, la moins vaccinée qui est aussi celle qui a le plus d’interactions sociales, riches et variées. Une aubaine pour le virus.

Il a beau être dopé à la mutation L452R, nous avons les atouts nécessaires pour le rattraper, avec la vaccination, qui reste efficace contre ce variant. Mais à une condition : jouer collectif.

Que s’est-il passé ?

Que peut-il se passer ?

Que pouvons / devons - nous faire ?

Revenons à la situation des premiers jours de juillet.

Les taux d’incidences de tous les départements de la région ont décru régulièrement depuis la première semaine d’avril 2021, semaine où le pic des contaminations de la troisième vague a été atteint dans la région.

Ils sont arrivés fin juin au-dessous du seuil de 20/100 000 dans les 5 départements de la région. Avec une moyenne à 10/100 000. Dont deux départements, inférieur à 10/100 000 : la Vendée et la Sarthe. La Sarthe qui avait pourtant été le département le plus durement touché durant cette troisième vague.

C’est un résultat qui n’avait pas été atteint depuis une année, suite au premier confinement.

Et tous les autres indicateurs corroboraient ce ralentissement très important de la circulation virale.

Le taux de positivité régional était inférieur à1%.

Dans aucun département il n’était supérieur à 2%.

Mais en Pays de la Loire, comme dans le reste de la France et une partie de l’Europe, la baisse vient de s’arrêter.

Graphique 1 : Courbe épidémique : Taux d’incidence sur 7 jours pour 100 000 habitants en région Pays de la Loire du 1er octobre 2020 au 5 juillet 2021 (Source SIDEP)
Graphique 2 : Troisième vague covid-19 : Taux d’incidence (nombre de nouveaux tests PCR et Ag positifs sur 7 jours pour 100 000 habitants dans les 5 départements de la région pays de la Loire (De gauche à droite : 44 49 53 72 85) le 5 aout 2020 et le 5 juillet juin 21 (Source SIDEP)

Jusqu’à présent, le nombre de nouvelles admissions en hospitalisation et en réanimation continue de baisser lui aussi, en conséquence de la baisse de l’incidence, de façon également régulière, importante et continue.

C’est logique, le nombre de personnes présentant des symptôme graves justifiant hospitalisation, voire une admission en réanimation, est proportionnel à la baisse des taux d’incidence.

La réduction du nombre des nouvelles admissions est également favorisée par la vaccination des personnes à risque et âgées les plus susceptibles de devoir être hospitalisées.

Et cela va durer encore quelques jours, même si le nombre des nouvelles contaminations s’accroit.

Parce qu’il y a un décalage d’environ une semaine entre la courbe des nouvelles contaminations et celle des hospitalisations. Le temps pour les complications d’apparaitre, entre le 7ème et le le 10ème jour, dû à une réaction inflammatoire disproportionnée contre le virus, chez les personnes qui présentent des facteurs de risque, en particulier l’âge et l’obésité.

Il n’y a plus aujourd’hui que 18 personnes hospitalisées en réanimation pour COVID en pays de la loire .

Elles étaient plus de 130 fin avril. (barres brunes du graphique).

Même si cette baisse des nouvelles admissions ne s’est pas traduite par une baisse du taux d’occupation en réanimation aussi rapide que celle du taux d’incidence.

D’une part parce que les personnes présentant les complications les plus lourdes restent longtemps hospitalisées.

D’autre part, parce que l’activité concernant les patients non-covid vient heureusement se substituer à l’activité concernant les patients covid+ en raison de la reprise des activités qui avaient été déprogrammées pour laisser la place aux patients COVID lors de la seconde vague :

Elles étaient 171 personnes ‘non-covid’ hospitalisées en réanimation début janvier.

Puis, la déprogrammation des interventions programmées non urgentes a permis de réduire leur nombre à moins de 130 fin avril pour laisser la place aux 130 patients COVID + de la troisième vague.

La reprogammation est intervenue début juin. Les patients ‘non covid’ sont désormais à nouveau près de 170.

C’est une bonne chose : les interventions programmées ont pu reprendre. Même s’il y a du "rattrapage" à faire.

Le système de soins, encore une fois, a tenu.

Grace à une adaptation dynamique du nombre de lits de réanimation par la transformation de places de soins intensifs ou continus en places de réanimation, armées par les équipes d’infirmiers spécialisés ou expérimentés en réanimation et en anesthésie libérées, grâce à la déprogrammation.

Lors de la première vague de mars, alors que la région disposait en temps normal de 182 lits de réanimation, ce sont jusqu’à 340 lits de réanimation qui ont été ouverts. (Ligne rouge du graphique)

Près du maximum possible compte tenu des ressources disponibles identifiées lorsque la flambée épidémique devenait inévitable. Presque un doublement des lits.

Lors de la seconde vague de novembre ce sont jusqu’à 319 lits de réanimation qui ont été rendus fonctionnels.

Lors de la troisième vague, ils ont varié de 250 lits en janvier à 290 en lors du pic d’hospitalisation fin avril.

Tout au long de l’épidémie, les équipes hospitalières organisées dans chaque département par leur ‘GHT’ (groupement hospitalier public de territoire), articulées avec celles issues des cliniques privées, et coordonnées au niveau régional dans le cadre du ‘G5’, réunion hebdomadaire regroupant les 5 GHT de la région, sous la houlette de l’ARS ont fait preuve d’une impressionnante réactivité et capacité d’adaptation. Tout comme les équipes des établissements médicosociaux et les professionnels du premier recours

L’enjeu fondamental était de limiter le plus possible les conséquences des déprogrammations en les ajustant au plus fin, tout en conservant une marge de manœuvre pour encaisser un pic d’activité imposé par le virus.

Et bien entendu d’assurer la prise en charge sans perte de chance de toutes les situations urgente et non programmables

Et de fait, la déprogrammation a pu être maintenue constamment au minimum nécessaire pour assurer la marge de manœuvre fixée à 15% de lits disponibles considérée suffisante pour faire face à un accroissement subit des cas.

Cette marge de manœuvre a parfois été réduite à 6% de places libres, en dessous des 15% visés, mais elle a été vite réajustée moyennant une grande réactivité des équipes à laquelle elles s’étaient engagées auprès de l’ARS qui leur a fait confiance tout au long de la crise.

La solidarité entre établissements de la région a joué et des transferts entre le CH du Mans, de Laval et le CHU d’Angers, ou encore entre le CHD de Vendée et le CHU de Nantes ont permis d’éviter des saturations locales.

Elle a également joué au niveau national pour soulager la région Ile de France.

Jamais le système hospitalier régional, mis sous tension, n’a été dépassé. Grâce à l’engagement de tous les acteurs de santé à commencer par les soignants, en particuliers infirmiers des établissements de la région.

Et cela a été possible en dépit de mesures de confinement retardées le plus possible pour préserver l’activité économique et surtout l’ouverture des écoles grâce au concours progressif de la vaccination.

En effet, la vaccination progresse vite.

  

D’abord et avant, il faut tout se féliciter de cet exploit, totalement inattendu de bénéficier d’un vaccin très efficace en moins d’un an.

Il y a un an, c’était un délai de 2 à 10 ans que nous promettait le consensus des experts pour la mise au point d’un vaccin! 

D’un vaccin de très grande efficacité, y compris chez les personnes âgées.

Et qui a fait la preuve de sa sécurité.

En effet, on n’a jamais eu autant de recul pour un vaccin. Cela semble contre intuitif devant la rapidité avec laquelle on a pu vacciner en masse.

Mais contrairement aux effets secondaires des expositions aux risques environnementaux ou aux risques des médicaments, les effets secondaires des vaccins apparaissent pratiquement toujours dans les premières semaines. 

Or on a vacciné près de 400 millions de personnes rien qu’en Europe en six mois, on dispose donc déjà d’un recul exceptionnel. Et les effets indésirables graves très rares ont pu ainsi être identifiés extrêmement rapidement et sont maintenant prévenus. Habituellement il faut des années avant d’atteindre un tel niveau de recul.

Ensuite saluer en dépit des impatiences, la montée en puissance d’une production industrielle de vaccins, nouveaux s’agissant des vaccins à ARN, dans la foulée de leur mise au point et dans des quantités de l’ordre du milliard de doses en quelques mois.

Un exploit jamais réalisé.

Enfin apprécier à sa juste mesure la vaccination de 30 millions de nos concitoyens par l’administration de 45 millions de doses (si on comptabilise également les deuxièmes doses) en moins de 6 mois. Du jamais vu. L’importance du défi ayant suscité scepticismes et railleries initiales tant la ligne d’arrivée paraissait hors de portée au rythme où démarrait la campagne.

Quatre raisons de remercier rétrospectivement tous ceux qui se sont engagés dans la bataille.

Et quatre raisons de se projeter avec détermination dans les défis qui restent à relever.

Car nous ne sommes pas au bout.

En termes de vaccination, nous l’avons évoqué dans la dernière chronique du 7 mai, avec 36% de la population ligérienne complètement vaccinées, nous avons fait le plus facile.

Mais la vaccination marque le pas en France dans les tranches d’âges les premières vaccinées et qui ont atteint des taux significativement élevés de couverture. (Voir Graphique)

Confirmant que le plus difficile reste à faire. Puisque ce sont maintenant les personnes qui ont le plus de difficulté ou le moins envie de se vacciner qu’il faut atteindre.

Le plein des vaccinations faciles n’ayant pas encore été fait pour les tranches d’âges plus récemment éligibles, ces tranches d’âges restent dans une dynamique de croissance.

Mais jusqu’à quand ?

(Le pourcentage de personnes vaccinées est surestimé pour certaines tranches d’âge car il prend au numérateur des personnes n’étant pas domiciliées sur le territoire où ils ont été vaccinés, surtout lorsque les vaccins étaient rares.)

Atteindrons-nous à temps la couverture vaccinale suffisante pour se passer de mesures barrières et de distanciation si contraignantes. ? Et suffira-t-elle pour gagner la course de vitesse contre les variants, a commencer par le variant Delta?

Avec la circulation du virus ralentie et la perspective d’une vaccination achevée à la rentrée nous espérions tourner la page du COVID, reprendre ‘la vie d’avant’, sans distanciation, sans mesure barrières.

Mettre fin au stop and go épuisant avec ses mesures de confinement importantes et prolongées une fois atteint le niveau de couverture vaccinale qui empêche la circulation virale.

Mais nous n’en avons pas fini avec ce virus !

Pourquoi ?

Parce que le variant delta repéré pour la première fois en Inde est bien parti pour prendre de l’ampleur avant que la vaccination ne le freine.

En quelques jours, il vient de produire une accélération brutale et extrêmement rapide de sa diffusion

Une accélération considérée comme extrêmement préoccupante par experts et décideurs.

 

Quelle est la nouvelle donne, quels sont nos atouts dans la nouvelle manche qui s’ouvre de cette partie de poker ?

Le variant Delta, apparu en inde, est désormais majoritaire en Angleterre, il pousse fortement en Espagne, et au Portugal, en croissance un peu partout en Europe, inquiétant en Russie et désormais implanté en France change désormais la donne ?

Revenons d’abord à l’essence du problème posé par ce virus : son impact sur le système de soins.

En termes de santé publique, le problème majeur posé par ce virus, celui qui justifie la mobilisation extrême du monde entier, c’est celui de la saturation des hôpitaux par les formes graves de la covid et de la mortalité en nombre dans les hébergements collectifs des personnes fragiles.

Et en termes de santé individuelle, le problème reste d’une part celui des formes cliniques sévères, y compris avant 60 ans qui exposent au risques de la réanimation, laissant des séquelles et d’autre part celui de formes cliniques, souvent modérées, qui se compliquent des formes prolongées appelées covid long.

En l’absence de traitement antiviral, nous ne disposons que de deux armes pour le contrôle de l’épidémie afin de réduire le nombre de ces formes cliniques graves ou prolongées:

La vaccination qui réduit significativement le risque de survenue d’une forme grave.

Et les mesures de prévention qui évitent de se contaminer.

Les mesures de prévention, le masque, la distanciation physique … visent à éviter la transmission de personne à personne par des projections de gouttelettes infectées ou par l’inhalation d’aérosols infectés suspendus dans l’air intérieur.

Leur mise en œuvre fait appel à l’engagement de chacun et va jusqu’à différents degrés de mesures d’ordre public et de confinement plus ou moins poussé qui, réduisant considérablement et efficacement les opportunités de se rencontrer, de croiser les ‘bulles sociales, réduisent d’autant les risques de contamination.

Fortement lorsque l’on ne pouvait passer d’une ville à l’autre, se retrouver dans des espaces publics, fermés ou d’ouverture limitée.

Voire quasi totalement lorsqu’on ne pouvait aller au-delà d’un km.

Ne laissant que l’espace familial comme lieu de contamination pour ceux qui n’étaient pas engagés dans la poursuite des activités dites essentielles.

Et ce fut à chaque fois efficace.

La mortalité, qui touche principalement les personnes très âgées a été limitée durant la troisième vague, passant d’une quinzaine de décès par jour à moins d’une dizaine.

Et Le taux de reproduction est descendu à 0,44. C’est-à-dire que 10 personnes contagieuses en contaminent moins de 5.

Un taux qui n’avait jamais été atteint depuis le début de l’épidémie.

Le déconfinement, prudent et progressif, ne s’était pas traduit jusque-là par une reprise des contaminations.

C’est d’autant plus remarquable que le déconfinement, prudent et par paliers a commencé le 3 mai, s’est poursuivi le 19 mai, amplifié de 9 mai et s’est achevé ce 23 juin avec la levée du couvre-feu la levée de l’obligation du port du masque à l’’extérieur et la réouverture des bars à l’intérieur.

Certes, avec maintien des mesures barrière, de la distanciation physique, des protocoles sanitaires et des jauges maximales dans les lieux recevant du public.

Pourquoi ce troisième confinement, certes survenu tardivement et luttant contre le virus variant dit anglais, 40% plus contagieux que le virus d’origine a-t-il été aussi efficace ?

Cela peut s’expliquer par plusieurs facteurs.

D’abord la maîtrise de plus en plus affirmée des mesures de prévention par la population, les responsables de lieux recevant du public et les autorités chargées de leur application. Maitrise qui permet de contenir la circulation du virus sans appliquer des mesures restreignant sans discernement les interactions sociales comme ce fut le cas durant le premier confinement.

Rappelons-le en effet l’objectif des mesures de confinement prises devant l’accélération exponentielle de l’incidence à des niveaux élevés vise à restreindre les opportunités d’interactions sociales.

Non pas qu’elles soient néfastes, certainement non, personne n’imagine qu’il soit positif de fermer des lieux de culture, des lieux de rencontre, des espaces d’activité sportive ou récréatifs. Personne n’éprouve quelque satisfaction que ce soit à empêcher les familles et les amis de se retrouver.

Mais parce qu’elles entraînent inévitablement les rapprochements physiques qui font se croiser groupes, amis, familles indemnes et personnes contagieuses.

Or c’est désormais bien documenté, c’est ainsi que le virus se propage.

Mais vivre masqués, n’est pas vivable à long terme, délétère pour les personnes âgées qui n’entendent pas bien, pour les tout-petits qui construisent leur sociabilité par l’interaction des visages.

Vivre confinés, vivre à distance les uns des autres non plus. En témoignent l’importance des troubles de santé mentale apparus au décours des confinements successifs. N’épargnant pas les jeunes en dépit de leur capacité à communiquer grâce aux nouvelles technologies.

Il est donc hautement souhaitable de pouvoir lever, voire abandonner ces mesures de contrôle de la circulation virale qui sont ressenties comme des mesures de contrôle social.

Ensuite, le niveau de circulation du virus a fini par devenir suffisamment bas pour mettre en œuvre un contact-tracing plus efficace de toutes les personnes contaminées. Contribuant à éteindre, et plus seulement freiner, la totalité des chaines de transmissions générées par une personne testée positive, en testant et isolant les personnes contagieuses et leurs contacts.

Un niveau de circulation bas a permis également de mettre en œuvre, de façon pionnière en pays de la Loire, un tracing ‘rétrospectif’. C’est-à-dire un tracing qui remonte à la source de contamination d’une personne testée positive, l’interrogeant longuement pour repérer où à pu se produire la contamination et pour identifier toutes les autres personnes qui ont pu être contaminées dans ces mêmes circonstances. Ainsi on démultiplie le nombre de chaînes de transmissions pour et leurs multiples contacts ou cas secondaires.

Un tel tracing rétrospectif est désormais systématique et intensif à chaque fois qu’un variant préoccupant est soupçonné.

C’est ainsi que l’on tente d’éteindre complètement chaque nouveau foyer et toutes ses branches.

Et maintenir le territoire concerné libre de virus.

Le plus longtemps possible.

Pour retarder le plus longtemps possible non seulement la diffusion du variant indien, qui circule désormais sur notre territoire.

Mais également pour contrôler l’introduction d’inévitables nouveaux variants.

Et tenir, jusqu’à la jonction’ avec une éventuelle atteinte de l’immunité collective avec la vaccination

Enfin, la vaccination a probablement contribué à diminuer le nombre des cas symptomatiques qui surviennent plus volontiers dans la population des adultes mures et âgées qui ont reçu aujourd’hui en nombre au moins une dose de vaccin.

Même si elle est encore insuffisante pour permettre réellement et à elle seule de réduire la circulation virale et en particulier de maintenir le taux de reproduction au-dessous de 1. Taux nécessaire pour que l’épidémie régresse sans mesures contraignantes de prévention autre que la vaccination.

Mais avec le variant delta, la donne a changé. Et de façon considérable car il est devenu dominant en quelques jours.

On vient de le voir, la vitesse de propagation est très rapide avec ce variant delta.

La mutation L452R (dont la présence signe à 80% le variant delta) est présente dans 60% des tests criblés en Pays de la Loire, de 20% en Mayenne à 75% en Vendée en passant par 49% en Maine et Loire, 51% en Sarthe et 62% en Loire-Atlantique.

Sans surprise, il est donc devenu dominant en quelques jours.

La clé de compréhension est dans le taux de reproduction.

Alors qu’il était inférieur à 1 depuis plusieurs semaines, à 0,44 il y a une semaine, il vient de remonter à 1,09 mardi 6 juillet.

Inférieur a 1 l’épidémie régresse ; Supérieur à 1 elle reprend !

Le taux de reproduction sans mesures de prévention est estimé à 3 pour le virus d’origine.

Autrement dit, chaque personne infectée en contamine en moyenne 3 en 2 à 7 jours, qui ensemble en contamineront 9, qui ensemble en contamineront 27 qui … etc

Au bout de 5 cycles, ce sont près de 250 personnes qui sont contaminées à partir d’un ‘cas index’.

Le variant alpha, venu d’Angleterre, responsable de la troisième vague en avril 2021 est 50% plus contagieux. Son taux de reproduction est donc de 4,5.

Le variant delta, apparu en inde, puis touchant l’Angleterre et maintenant toute l’Europe est 60% plus contagieux que le variant anglais.

Son taux de reproduction est donc autour de 7.

Cela signifie donc qu’une personne en contamine 7, qui en contaminent ensemble 49 qui en contaminent ensemble 343 etc…

Au bout de 5 cycles de 2 à 7 jours, ce sont plus de …16 000 personnes qui sont contaminée à partir d’un cas index !

On comprend alors que la pente de croissance de l’incidence est beaucoup plus vertigineuse que ce que l’on a pu connaitre auparavant.

Bien sûr, ce calcul est simplifié.

Encore une fois les modélisations des experts sont beaucoup plus complexes et tiennent compte de beaucoup de paramètres.

Avec une population en partie vaccinée, avertie, qui maîtrise les gestes barrière et la distanciation, la propagation du variant delta ne se fera pas avec un taux de reproduction de 7.

Mais cela permet de comprendre le changement de cinétique et la réaction des décideurs européens en quelques jours.

Par comparaison avec le variant alpha apparu en Angleterre, faudra en effet redoubler d’efficacité dans les mesures de prévention pour espérer maintenir un taux de reproduction du variant delta inférieur à 1.

Il n’y a pour autant pas de raison de céder à la panique, car nous disposons de beaucoup plus d’armes qu’il y a un an lors de la première vague. Et même qu’il y a quelques mois avec la progression de la couverture vaccinale.

D’abord, nous l’avons déjà dit dans des chroniques précédentes, la prise en charge des formes graves, en particulier en réanimation est beaucoup plus efficace.

On utilise mieux les antiinflammatoires, on oxygène mieux, et plus intensément sans crainte, on intube moins et à meilleurs escient, et les résultats de la réanimation sont meilleurs.

Ensuite, en termes de prévention nous venons de l’expliquer, la population maitrise beaucoup mieux les mesures de prévention, et a compris l’intérêt de les prendre précocement.

Le dépistage n’a plus de freins. On est capable de dépister massivement. Il n’y a plus de délais de rendu de résultats. On sait monter en quelques heures une campagne localisée massive de dépistage sur un territoire ou surgissent des clusters et une diffusion en population.

Ce qui était un exploit le 14 juillet 2020 en Mayenne est devenu la routine aujourd’hui.

Le département des Landes qui, comme en Mayenne l’an dernier, à réagit tôt, vite, et fort, semble avoir réussi à freiner, au moins temporairement, la flambée qu’elle a connu ces derniers jours.

Et puis surtout, à la différence des précédentes vagues, une partie de la population est vaccinée dont une part significative de la population la plus à risque.

Face à ce virus galopant, la vaccination devient un atout majeur.

Le vaccin va-t-il nous permettre d’arrêter cette vague ?

Quelle couverture vaccinale le permettrait ?

Sera –t-elle suffisante pour éviter la saturation hospitalière ?

Les vaccins ont été conçus pour réduire le risque de présenter une forme grave de la Covid. Nous y reviendrons un peu plus loin.

Même si on se doutait que la vaccination devait bien contribuer à réduire la transmission, on ne savait dans quelle proportion puisque la réduction de la transmission n’était pas l’objectif de la création du vaccin.

Selon une étude récente de l’institut Pasteur, les personnes non vaccinées contribuent à la transmission de façon disproportionnée : une personne non vaccinée à 12 fois plus de risque de transmettre la covid qu’une personne vaccinée.

Il y a donc un intérêt majeur à amplifier la vaccination pour reprendre le contrôle du virus.

Hier pour envisager la levée complète des mesures contraignantes de prévention.

Aujourd’hui, pour au moins compléter notre arsenal de prévention afin de maitriser ce variant sans devoir recourir à des mesures extrêmes de prévention tant il est contagieux.

Mais quel est donc le niveau de couverture vaccinale qu’il faut atteindre, et pour quel objectif ?

Comme pour les mesures de prévention c’est le taux de reproduction qui est l’arbitre.

Rappelons-nous : Au-dessous de 1, chaque personne contaminée contamine moins d’une personne, l’épidémie s’éteint,

Au-dessus de 1 chaque personne contaminée en contamine plus d’une, l’épidémie progresse.

A quel taux de couverture vaccinale le un taux de reproduction bascule-t-il au-dessous de 1 ?

C’est-à-dire à un niveau qui permettrait à la vaccination de réduire transmission à elle seule.

Tout dépend du taux de reproduction ‘R’ ‘naturel’ sans aucunes mesures barrières.

La formule de calcul est la suivante : le pourcentage de personnes immunisées nécessaire pour atteindre un R de 1 est égal à 1-1/R.

Autrement dit, 1/R nous donne le pourcentage de population qui pourrait ne pas être immunisée sans obliger l’ensemble de la population à appliquer des mesures de prévention.

Le taux de reproduction du virus d’origine était estimé à environ 3. Une personne infectée en contamine 3 sans mesures de prévention.

1/3 = 33% de personnes peuvent ne pas être vaccinées sans contribuer à élever R au-dessus de 1, permettant à l’épidémie de régresser naturellement.

Et donc l’immunité collective souhaitable est d’au moins 66 %.

Nous retrouvons les 60 à 70% d’immunité de groupe jugé nécessaire qui avaient été évoqués dès le début de la pandémie !

Mais il a fallu compter avec la variant anglais qui est 50% plus contagieux.

Autrement dit son R naturel est de 4,5 (3 + 50%x3).

1/4,5 = 22% de la population non immunisée permet de maintenir l’épidémie stable.

Et donc l’immunité collective souhaitable est de 78%.

Et c’est désormais le variant delta (indien) qui s’impose qui est lui-même 60% plus contagieux que le variant anglais.

Autrement dit son R naturel est de 7,2 (4,5 + 60%x4,5)

1/7,2 = 13% de la population non immunisée laisse la circulation virale stable.

Et donc l’immunité collective à atteindre est de 87%.

Attention, nous parlons bien de taux d’immunité collective et non de couverture vaccinale.

Or ce taux d’immunité n’est pas seulement atteint par les personnes vaccinées.

Il est la résultante de l’addition de plusieurs catégories de personnes

Il comprend le nombre de personnes vaccinées et le nombre de personnes immunisées par la maladie. Ces dernières sont autant de personnes qui contribuent à l’immunité même sans être vaccinées.

Mais il faut en déduire les personnes vaccinées mais pour lesquelles le vaccin n’est pas efficace (5% des vaccinés). Et les personnes que l’on ne vaccine pas : les enfants de moins de 12 ans.

Le nombre de personnes immunisées par la maladie est estimé en France à 20%. Il est variable selon les territoires. Ce serait autour de 8% en Pays de la Loire.  Et un certain nombre d’entre eux sont déjà comptabilisés parmi les vaccinés.

Nous l’avons dit dans une précédente chronique, vacciner les premiers 50% d’une population est relativement facile. Mais au-delà chaque dizaine demande plus d’effort.

Heureusement, nous ne comptons pas sur la vaccination seule pour maitriser l’épidémie, mais plus elle sera rapidement élevée, plus nous pourrons éviter de devoir recourir à des mesures trop contraignantes de prévention.

Sur un plan purement scientifique en effet, l’intensité des mesures de prévention est inversement proportionnelle au taux d’immunité collective qui ne pourra atteindre un niveau suffisant sans la vaccination.

C’est précisément cette raison qui justifie le lien que les pouvoirs publics établissent lorsqu’ils envisagent de conditionner la levée de certaines mesures de prévention à l’atteinte d’un taux de couverture vaccinale suffisant.

Quel sera l’impact du variant sur les formes graves, celles qui risquent de déstabiliser à nouveau le système de soins ?

Un schéma vaccinal complet, avec le vaccin Pfizer comme avec le vaccin Astra Zeneca a une efficacité de 93% sur le risque de présenter une forme grave.

Un schéma vaccinal incomplet est beaucoup moins efficace sur le variant delta.

Le risque d’être hospitalisé est 8 fois plus élevé lorsqu’on n’est pas vacciné.

Ce sont les estimations issues de l’expérience des pays qui font face à une nouvelle vague épidémique alors que leur population est déjà beaucoup vaccinée.

En Angleterre, lors de l’accélération épidémique sous la pression du variant delta, on n’a pas vu dans un premier temps augmenter les hospitalisations. Elles commencent maintenant à augmenter et leur pente n’est pas aussi forte que lors des premières vagues. Cependant, on ne sait pas comment elle va évoluer. En Angleterre, certains scientifiques jugent dangereuse la décision de maintenir la date du déconfinement.

La comparaison avec la France est difficile car la stratégie de vaccination a été différente, la couverture première dose / seconde dose n’est pas la même, avec des vaccins différents. Et puis en Angleterre, il y a eu un plateau d’incidence très basse qui s’est prolongé plusieurs semaines alors qu’en France on a assisté à un véritable touch & go du taux d’incidence au niveau des 10/100 000 avec une reprise très rapide des contaminations.

En Israel où 85% de la population est allé se vacciner et présente un taux de de couverture vaccinale complète de 60%, 40% des personnes hospitalisées pour COVID sont des personnes vaccinées.

Ce résultat paradoxal, que l’on pourrait également voir en France est normal. En effet, on sait que le vaccin n’est pas efficace pour prévenir les hospitalisations pour 7% des vaccinés. Et donc, logiquement, les 7% de personnes vaccinées mais non protégées d’une hospitalisation s’appliquent à la population importante des personnes vaccinées. Ils pèsent donc d’un poids non négligeable parmi les personnes hospitalisées

En poussant au bout le raisonnement, si 100% de la population était vaccinée, il y aurait toujours des hospitalisés parmi les 7% de vaccinés non protégés. Et on aurait donc 100% de vaccinés parmi les hospitalisés.

Mais on retrouve bien en Israel également un risque 8,5 fois moindre d’être hospitalisé quand on est vacciné.

Pourquoi faudrait-il donc s’inquiéter si les services hospitaliers ne sont pas saturés.

La réalité est qu’il est très difficile de projeter ce qui se va passer à l’hôpital.

Il est difficile de prévoir les conséquences en termes de formes graves d’une poussée épidémique beaucoup plus forte qu’auparavant, liée au variant Delta sur une population à risque d’hospitalisation moins nombreuse parce qu’une partie d’entre elle est protégée par son immunité, acquise par la maladie ou par la vaccination.

Un scénario de référence des modélisations de l’institut Pasteur, publié fin juin, avant que l’accélération rapide du variant delta ne se manifeste, caractérisé par un R0 de 4, et une couverture vaccinale de 30%, 70%, 90% respectivement chez les 12-17ans, 18-59 ans et>60 ans, estime que l’on verrait un pic d’hospitalisation similaire à celui de l’automne 2020 en l’absence de mesures de prévention.

Aujourd’hui le variant delta est devenu dominant en quelques jours.

En Pays de la Loire, il est passé de 10% des tests PCR criblés le 24 juin, à 56% le 5 juillet en Pays de la Loire et de 2,5% le 25 juin à 75% le 5 juillet en Vendée.

Les données de ces jours-ci nous montrent également que l’accélération de l’épidémie, comme lors des vagues précédentes, touche en premier et fortement la tranche d’âge des moins de 30 ans.

C’est logique et c’est normal. C’est la tranche d’âge qui a le plus d’interaction sociales variées. Et donc au sein de laquelle le virus circule le plus.

Or cette population des moins de 30 ans est également celle qui est la moins vaccinée.

Et seul le schéma vaccinal complet prévient efficacement le risque d’hospitalisation du au variant delta.

Par conséquent, même si avant 40 ans la proportion de personnes risquant une forme grave est très faible, un nombre très important de contaminations risque de transformer ce faible pourcentage en un nombre absolu très important.

Sur une période plus courte en raison de la rapidité de l’accélération de l’épidémie.

Un nombre qui pourrait peut-être mettre quand même le système de santé sous forte pression si des mesures efficaces de freinage n’interviennent pas.

Car ceux qui commencent à se vacciner aujourd’hui ne seront protégés d’une hospitalisation au mieux fin août.

Or le variant delta s’est imposé à une vitesse qui prend tous les pays de court par sa vitesse.

Réagir tôt vite et fort : vacciner massivement et facilement la population, aller vers les personnes à risques pas encore vaccinées, tester alerter protéger par le dépistage, et appliquer les mesures de prévention que l’on sait efficaces.